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Silvana TapiaJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosarenlaces oxígeno e hidrógeno permanentesautoionización del agua naturalintercambio de hidrógenos entre moléculasdinámica molecular con potencial profundocálculo dft del mapa de potencialDFTJuan Carlos GilTIP 4P 2005ST2Leonard Jonesplaneta TierraHéctor SocasH2OTierraCarl SaganCosmos
Autoionización del Agua natural
Con
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Juan Carlos Gil explica las limitaciones de los modelos de agua existentes, señalando que no capturan fenómenos naturales como la autoionización debido a que asumen enlaces permanentes entre oxígeno e hidrógeno.
…de interacción que dio lugar a toda una familia de variantes con cuatro centros, cuyo campeón absoluto es el TIP 4P 2005, publicado por Abascal y Vega en 2005 y que sigue siendo a día de hoy el estándar de oro para simular agua y hielo con modelos rígidos. Pero todos estos modelos tienen una limitación grave y es que obviamente los enlaces, cada oxígeno tiene sus dos hidrógenos apareados de por vida, son sus hidrógenos y esos enlaces no se rompen, no capturan los fenómenos que ocurren en el agua natural como la autoionización, el intercambio de hidrógenos entre moléculas. Por eso la técnica esta de dinámica molecular con potencial profundo, que ignora el hecho de que hay moléculas construidas, simplemente calcula el DFT, el mapa de potencial completo, pues ha tenido mucho éxito precisamente para una sustancia tan paradigmática como el agua. El trabajo fundacional de Sang de 2018 usó precisamente el agua como modelo y lo han refinado varias veces desde entonces, bueno, hasta llegar al potencial para el agua llamado DP-SCAN de 2023 que reproduce de forma muy muy fiel todas las propiedades del agua…
Significado #1 · Palabras #1
Tras hablar sobre la abundancia del agua en el universo y su presencia en cometas, Héctor Socas y Juan Carlos Gil comentan sobre la percepción de escasez de agua en la Tierra, atribuyéndola más a problemas de distribución que a una falta real de este recurso.
Habla: Héctor SocasPalabras #9agua abundante en el universoescasez de agua y distribución terrestreplaneta agua versus planeta tierrapresión atmosférica del agua terrestreagua en estado gaseoso y sólidodisolvente universal biología terrestremolécula de agua h2osingularidad del agua terrestre…que es el agua la tercera molécula más abundante del universo, tras el hidrógeno molecular y el monóxido de carbono. El agua aparece en cometas, en nubes interestelares, en atmósferas exoplanetarias; las hemos visto ya, vamos, que está por todos los lados. En torno a los cometas, que luego hablaremos bastante de eso, hablando de hielo y de agua Es omnipresente El agua es de lo más abundante que hay en el universo, a veces la gente se queja El problema de la escasez de agua en nuestro mundo es falta de tener las cosas, saber repartir las cosas y distribuirlas y llevar las cosas donde se necesita Porque el cosmos está, vamos, de lo más abundante que hay es agua Bueno, y en la Tierra, en forma líquida, ya sabes que cubre las tres cuartas partes del planeta, que quizá deberíamos haberle llamado planeta agua, en vez de planeta Tierra, pero es que además aparece de forma natural a presión atmosférica, También en forma gaseosa y sólida en nuestro planeta, en la superficie, lo que es realmente excepcional; eso no ocurre con ninguna otra sustancia y además, no se nos escapa, es el disolvente universal de la biología terrestre. Todos los organismos que conocemos dependen del agua. Su molécula es realmente simple: H2O, hidrógeno, oxígeno, hidrógeno. Y sin embargo, el agua se comporta de una forma muy, muy sorprendentemente compleja a veces. Para empezar, sonora a muchos, el agua al enfriarse no se hace más densa todo el rato como la gran mayoría de las sustancias en el camino hacia la congelación, sino que presenta un máximo de densidad a 4 grados centígrados a presión atmosférica, digo, y luego…
Juan Carlos Gil introduce el tema de los modelos de agua utilizados en simulaciones, como continuación a su explicación sobre dinámica molecular y simulación.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #4modelos de agua st2 simulaciónmolécula de agua rígida jonescargas tetraédricas en modelos agua…las configuraciones que le van saliendo en la simulación pues puede calcular esas configuraciones por un DFT chulo, FETEN, e incorporar esos nuevos valores al reentrenar la red e incorporarlo para seguir haciendo la simulación con un potencial refinado. Vale, os he hablado de agua por un poquito y también de simulación, pero todavía necesito introducir otra cosita antes de pasar al artículo, mezclando agua y simulación. ¿Qué modelos de agua se han utilizado para la simulación? Pues el primer modelo moderno se llama ST2 de 1974, una molécula de agua rígida con un centro Leonard Jones y cuatro cargas en disposición tetraédrica; es bastante natural para reproducir la tendencia tetraédrica de las moléculas de agua. En los años 80 llega el modelo SPC, Simple Point Charge, y su variante SPCE, que son muy sencillos, muy simples, muy robustos y todavía a día de hoy se siguen utilizando sobre todo para la envolvente acuosa de macromoléculas, en biología molecular y demás. En…
Juan Carlos Gil explica las limitaciones de los modelos de agua existentes, señalando que no capturan fenómenos naturales como la autoionización debido a que asumen enlaces permanentes entre oxígeno e hidrógeno.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1enlaces oxígeno e hidrógeno permanentesautoionización del agua naturalintercambio de hidrógenos entre moléculasdinámica molecular con potencial profundocálculo dft del mapa de potencial…de interacción que dio lugar a toda una familia de variantes con cuatro centros, cuyo campeón absoluto es el TIP 4P 2005, publicado por Abascal y Vega en 2005 y que sigue siendo a día de hoy el estándar de oro para simular agua y hielo con modelos rígidos. Pero todos estos modelos tienen una limitación grave y es que obviamente los enlaces, cada oxígeno tiene sus dos hidrógenos apareados de por vida, son sus hidrógenos y esos enlaces no se rompen, no capturan los fenómenos que ocurren en el agua natural como la autoionización, el intercambio de hidrógenos entre moléculas. Por eso la técnica esta de dinámica molecular con potencial profundo, que ignora el hecho de que hay moléculas construidas, simplemente calcula el DFT, el mapa de potencial completo, pues ha tenido mucho éxito precisamente para una sustancia tan paradigmática como el agua. El trabajo fundacional de Sang de 2018 usó precisamente el agua como modelo y lo han refinado varias veces desde entonces, bueno, hasta llegar al potencial para el agua llamado DP-SCAN de 2023 que reproduce de forma muy muy fiel todas las propiedades del agua…
Juan Carlos Gil explica que el hielo para consumo humano es interesante por su carga bacteriana e iones, y advierte sobre los peligros del agua desionizada.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #4 · Palabras #7agua desionizada y absorción de sodiosiones en el hielo para consumo humanotécnicas milicú para desionizar aguaconsumo de agua pura es peligroso…de gasolinera o el de supermercado? Me gusta el comentario de Alicia, Van de bar en bar, Van de bar en bar, qué bueno. Ese es el hielo Héctor, ¿eh? Pues el hielo, hielo es Ojalá yo tuviera esas ocurrencias. Digo, que decía siguiendo con lo de la broma de La gasonera, que el hielo, hielo es, para consumo humano lo interesante es la carga bacteriana y los iones. Ah, aquí siempre me gusta decir: existe la posibilidad de desionizar, de quitarle muchísimos iones al agua, unas técnicas que se llaman de milicú. Ese agua desionizada es muy venenosa, por utilizar una palabra que seguramente es incorrecta, porque claro, no tiene iones; en cuanto te tomas un poquito, absorbe todo lo que puede de sodios y de potasios y de cloruros de tu cuerpo, y te deshidrata, paradójicamente. El pobre, o sea, el agua pura, no bebáis agua pura, muchachos: el agua natural con sus guarrerías es muy sana. El agua deshidrata podría ser un buen titular, sí. Muy bien, muy bien. Pues nada, Juan Carlos, que disfrutes. Muchas gracias, amigos, ya os leo. Un abrazo. Un placer. Hasta luego, Juan Carlos. Chao. Y no tenemos a nadie que entre en su lugar, me cachis. Nos vamos a quedar con uno menos, como cuando sacan una…
Borja Tosar recuerda una escena de Cosmos con Carl Sagan donde este último utilizaba un cubo de agua para ilustrar la composición del cuerpo humano y su origen.
Habla: Borja TosarPalabras #20carl sagan y cubo de aguaagua composición cuerpo humanocosmos programa televisión saga…Tierra. Eso me parece algo muy bonito el poder llegar incluso a precisar eso. Así que ya saben cuando beban agua Francis toda esa agua que te estás ahí mandando eso es extraterrestre. Por eso la tomo para extraterrizarme como se diga eso somos un 80% alien. 90% agua, no, algo así, sí. 90% agua, creo, ¿no era 70%? No sé, es mucha agua. Yo me recuerdo a Carl Sagan ahí con el cubo de agua en Cosmos, ¿te acuerdas? Que echaba ahí el agua y decía: ya he hecho lo demás y remuevo para sacar a un humano. Somos agua sucia, básicamente. Y decía: bueno, no es exactamente así. Bueno, oye, nada, que ya llevamos mucho con esto. Nos despedimos rápido, hasta la semana que viene; habrá Coffee Break, búsquennos en sus reproductores que estaremos, probablemente también en Youtube, de alguna forma, no sé cómo, ya veremos, pero algo saldrá,…