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Ignacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroJosé EdelsteinHéctor SocasSilvana TapiaIsabel CorderoLuisa AchaerandioGastón Giribetsoftware diseño partículas icosaédricasantígeno de seis letras raroreacción click para unir antígenooligonucleótidos en hebra larga adnADNIgnacio CrespoIsabel CorderoGastón GiribetOrigami de ADNLoopEOD-GT8VIHGP120linfocitos BLuisa AchaerandioJosé Edelstein
Antígeno de seis letras raro
Ep545: 11F; Dinosaurios; Sag A*; Genes y Psiquiatría; AlphaGenome; ADN Origami
12 de febrero de 202610 momentos
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Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio diseñaron un andamio utilizando software específico para crear partículas icosaédricas de origami de ADN.
…Viendo la composición celular en los centros germinales, por supuesto en ratones, la competencia clonal, es decir, se sintetiza ahora más un anticuerpo que otro, etc. Y la activación temprana precisamente de los anticuerpos que se desean: ¿cómo lo hacen? Pues lo primero en el artículo te explican cómo han hecho el andamio, cómo han diseñado el origami; que por lo visto, y eso no lo sabía yo, hay software específicos de diseño y diseñaron unas partículas icosaédricas. Han probado varios tamaños y varios sitios de anclaje para el antígeno; luego, una vez que lo han diseñado, lo construyen, cogen una hebra larga de ADN y luego le han añadido pequeños oligonucleótidos. Luego le han metido ese antígeno, el del nombre de seis letras raro, y luego la han unido con una reacción que si no recuerdo mal en el artículo ponía una reacción click; que no sé en qué consiste, pero bueno, la han conseguido añadir al origami. Bueno, el anticecrino, como he dicho, tampoco es modificado y luego han verificado la construcción por varias técnicas. Se han hecho electroforensis, se han hecho muchas técnicas para ver que estaba bien hecho el constructo. luego ya pasando ya que lo tienen…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo continúa explicando el concepto de origami con ADN, haciendo referencia a la estructura de doble hélice del ADN y su composición basada en un código de cuatro letras.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #7estructura de doble hélice del adncódigo de cuatro letras biología molecularmolécula de adn en organismos…hacer alguna figurita geométrica doblando un papel gracias a la flexibilidad y hacer una serie de dobleces con fuerzas que permiten, bueno, pues hacer figuras tridimensionales. El ADN tiene también una característica muy importante que permite de alguna Manera hacer también figuras geométricas. De hecho, el ADN ya vemos que hace una configuración de doble hélice cuando está formando parte, por ejemplo, de los cromosomas. Recordemos que la molécula de ADN es una cadena de longitud indeterminada dependiendo del organismo y que está formado por un código de cuatro letras, pero son cuatro letras que simplemente en biología molecular representamos a cada una de esas moléculas como una letra, pero realmente son moléculas que están unidas. La adenina que se representa por la forma A, la guanina por la letra G, la citosina por la letra C y la timina por la letra T, entonces una cadena de ADN sería la combinación o el enlace o la conjunción de muchas estructuras de este tipo, por ejemplo A, T, C,…
Isabel Cordero continúa la discusión sobre las aplicaciones del origami de ADN, señalando que este método busca generar anticuerpos capaces de reconocer múltiples variantes de un virus.
Habla: Isabel CorderoSignificado #17origami de adn para anticuerposanticuerpos neutralizantes contra virusvacunología moderna y virus patógenosinvestigación sobre el virus vihvirus de la inmunodeficiencia humana 1981…con ADN y bueno, de forma controlada y por una serie de mecanismos se van abriendo y se va liberando el fármaco. Se utilizan también para hacer biosensores y para estudios de biología celular. La segunda pregunta es: ¿para qué queremos hacer origami de ADN? Ya sabemos para qué se está utilizando pero todavía podemos buscarle más aplicaciones. Por ejemplo en este artículo lo van a utilizar para avanzar en uno de los retos de la vacunología moderna como es la generación de anticuerpos ampliamente neutralizantes. Es decir, con los origamis de ADN queremos generar anticuerpos capaces de reconocer múltiples variantes de un mismo virus y esto es importantísimo porque hoy en día tenemos muchísimos virus muy patógenos que no tenemos ni un remedio, no tenemos un medicamento para curar la infección pero tampoco tenemos vacunas disponibles para protegernos frente a la infección y en concreto en este artículo quieren aplicarlo para el VIH que es un virus, el virus de la inmunodeficiencia humana que sabemos pues se describió en el 1981, ya llevamos pues casi 45 años investigando sobre él y bueno se va avanzando por supuesto pero sigue siendo pues una laguna en el conocimiento. Es un virus de ARN y bueno pues con una complejidad añadida. Como hemos dicho, los virus de ARN tienen unos sistemas de reparación; cuando ellos se van multiplicando, van haciendo copias de sí mismos, también de su material genético y ellos no tienen…
Isabel Cordero continúa la discusión sobre las aplicaciones del origami de ADN, explicando cómo el enfoque busca neutralizar variantes virales a través de proteínas que varían menos.
Habla: Isabel CorderoSignificado #11proteínas neutralizan variantes viraleslinaje celular raro en repertorio humanoanticuerpos interesantes enmascarados por linfocitos b…interesan estudiar y hacer vacunas sobre las regiones que no mutan y que no varían. No podemos estar constantemente haciendo vacunas frente a regiones que sabemos que van a variar mucho más rápidamente; siempre intentamos que esas vacunas generen anticuerpos. Frente a los trocitos, a esas proteínas que varían menos en este tipo de virus, y esto le permite neutralizar a cualquier variante del virus. Sin embargo, como todo, hay un inconveniente: y es que este linaje celular, el que produce este tipo de anticuerpos, es muy raro en el repertorio humano. Además está en pequeña cantidad y muchas veces cuando está presente, su actividad se ve enmascarada por la de otros linajes de linfocitos B, que son muchos más activos y empiezan a generar otro tipo de anticuerpos. Por tanto, los anticuerpos interesantes se quedan un poquito relegados y enmascarados con respecto al resto. Por tanto, necesitamos mecanismos que nos permitan, digamos, multiplicar o magnificar estos anticuerpos que son tan interesantes, sobre todo cuando ocurre la primera vacunación, que es donde necesitamos que haya mayor cantidad de estos anticuerpos para…
Tras analizar problemas con nanopartículas proteicas como vehículos de antígenos en vacunas, Ignacio Crespo y Isabel Cordero comentan una alternativa propuesta por los autores: presentar un antígeno viral poco variable para generar una respuesta específica.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2antígeno viral poco variableproteínas como vehículos de antígenosrespuesta específica contra antígenoignacio crespo e isabel cordero…de nuestro organismo donde pues ahí se desarrollan y se activan los linfocitos B y además bueno pues eso pues se veían los anticuerpos que nos interesaban se veían desplazados por esos anticuerpos que se habían generado frente a las proteínas de la partícula Por tanto, viendo esto, que tenemos un problema, que se ha intentado solucionar el problema, como hemos dicho, creando unos vehículos en forma de proteínas y que no funciona del todo bien, los autores plantean una alternativa. Ellos lo que quieren es presentar un antígeno, es decir, una molécula presente en el virus y que sea muy poquito variable, que genere una respuesta, pero no contra el vehículo, solamente frente al antígeno. que sea además la respuesta deseada, que sea mayor y que no quede enmascarada por ningún otro mecanismo y aquí es donde a los autores se le ocurre utilizar un Origami de ADN. ¿Por qué? Porque los origamis de ADN se ha visto que son mínimamente inmunostimulantes y no generan ningún tipo de respuesta por parte del sistema inmunitario pudiendo funcionar perfectamente como un andamio o un vehículo inerte. Además, visto…
Gastón Giribet reflexiona sobre la complejidad de una tecnología resumida en seis letras y expresa su interés inicial en el concepto de 'loop' para entender cómo se adhieren las cosas.
Habla: Gastón GiribetPalabras #2origami de dna transporta antígenoreacción inmune y origami de adndiseño de origami con antígenoeod-gt8 inmunógeno experimental vihingeniería de proteínas para inducir anticuerposorigami de adn antígeno concretoeod gt8 inmunógeno experimental vihproteína gp120 del vih modificadalinfocitos b específicos eod gt8origami en diseño de vacunasloop para entender la adhesiónversatilidad de las sustancias liberadasmanipulación del origami de dnagastón giribet y el concepto loop…ficción, podemos hacer estructuras geométricas con el ADN de tamaño, de espacios totalmente exactos y según quiera el investigador. Por tanto, si conseguimos esto, que digamos es factible técnicamente, podemos hacer la molécula de ADN, sabemos que cuando se hacen esas moléculas el sistema inmunitario no va a reaccionar frente a ese origami de ADN, pues bueno, pues simplemente tenemos que ponerle el antígeno y ver cómo funciona tanto en sistema sin vitro como luego en sistema sin vivo Por tanto los autores se plantean precisamente eso, diseñar un origami de ADN que en concreto porte el antígeno Frente al cual el sistema inmunitario tiene que reaccionar. Me ha hecho mucha gracia, yo no lo había escuchado mucho: el antígeno concreto que pone en el origami de ADN se llama EOD-GT8, que es un inmunógeno experimental contra el VIH y se ha diseñado mediante ingeniería de proteínas precisamente para inducir la producción de anticuerpos y además de este tipo inducir con mucha intensidad. Lo que me ha hecho más gracia es el nombre. que digo bueno pues como suele ser habitual en ciencia que ponemos ahí las primeras letras o números que se nos ocurren pero esas seis letras significan todo esto y lo he traducido al español Dominio externo de la proteína GP120 del VIH modificado en el laboratorio, barra, octava versión optimizada para activar linfocitos B muy específicos. O sea, más síntesis imposible. O sea, todo eso se resume a EOD barra GT8. Ahí está el origami. Totalmente. Te hago una pregunta. Yo creo que se resumiría en ole, ¿no? Y lo he traducido y digo: no me puedo creer que todo esto sean esas seis letras. Bueno, pues ese es el primero. Espera, creo que Gastón quería decir algo, preguntar algo. No, no, quería; no, que me interesa esto, quería desde la ingenuidad, ¿no? O sea, uno dice: entiendo el argumento, me parece muy bueno el ejemplo que diste del loop, ¿no? De cómo se pegan las cosas y entonces que uno, la pregunta es, ¿cuántas, es difícil hasta cómo responder esto, pero cuánta versatilidad hay en eso? Es decir, se saben hacer loops, cajitas, porque explicaste antes que uno puede liberar de manera controlada ciertas sustancias, ¿cuán versátil es esto? Porque el nombre origami es más que decir loops o cositas, ¿no? O sea, uno puede hacer; quiero saber: ¿cuán fácil es manipular esto? Pues hombre, ahí hace falta, primero ellos lo utilizan en el artículo, por lo visto, yo no lo sabía tampoco porque tampoco es mi, digamos mi investigación no se centra ni mucho menos en esto, pero hay programas que te permiten hacer en sílico diseños,…
Luisa Achaerandio explica cómo los autores buscan crear un origami de ADN para incluir un antígeno específico generado mediante ingeniería de proteínas.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #4origami de adn para antígenoingeniería de proteínas optimizadaantígenos neutralizantes contra virus…esto de hecho, bueno, es precioso. Los dibujos se ven ahí, la figura geométrica y es preciosa, pero no sé si serían capaces de hacer estructuras más grandes, en principio para lo que son los objetivos de este artículo y de otros anteriores, que es portar o Vehiculizar algo como una especie de nanocápsula, en principio parece que eso es sencillo; ya otras estructuras más grandes, ya eso pues claro, se aumenta en dificultad. Bueno, entonces uno de los primeros objetivos de los autores es conseguir eso, hacer un origami con el ADN y en el origami, en esa figura geométrica del ADN, pues incluirle ese antígeno concreto que también es algo que se ha generado, como he dicho, por ingeniería de proteínas y está optimizado para intentar estudiar el antígeno. Estimular al máximo nuestro sistema inmunitario y que se produzcan esos antígenos que son tan neutralizantes y que podrían pues como he dicho pues neutralizar al virus, valga la redundancia. Luego además dicen: bueno, nosotros hemos ideado este sistema pero queremos saber si es mejor a lo que ya existe, que es el sistema de proteínas. Entonces también compara y luego lo más importante quieren analizar cómo, o sea, no solamente conseguirlo,…
Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio diseñaron un andamio utilizando software específico para crear partículas icosaédricas de origami de ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1software diseño partículas icosaédricasantígeno de seis letras raroreacción click para unir antígenooligonucleótidos en hebra larga adn…Viendo la composición celular en los centros germinales, por supuesto en ratones, la competencia clonal, es decir, se sintetiza ahora más un anticuerpo que otro, etc. Y la activación temprana precisamente de los anticuerpos que se desean: ¿cómo lo hacen? Pues lo primero en el artículo te explican cómo han hecho el andamio, cómo han diseñado el origami; que por lo visto, y eso no lo sabía yo, hay software específicos de diseño y diseñaron unas partículas icosaédricas. Han probado varios tamaños y varios sitios de anclaje para el antígeno; luego, una vez que lo han diseñado, lo construyen, cogen una hebra larga de ADN y luego le han añadido pequeños oligonucleótidos. Luego le han metido ese antígeno, el del nombre de seis letras raro, y luego la han unido con una reacción que si no recuerdo mal en el artículo ponía una reacción click; que no sé en qué consiste, pero bueno, la han conseguido añadir al origami. Bueno, el anticecrino, como he dicho, tampoco es modificado y luego han verificado la construcción por varias técnicas. Se han hecho electroforensis, se han hecho muchas técnicas para ver que estaba bien hecho el constructo. luego ya pasando ya que lo tienen…
Luisa Achaerandio describe los problemas encontrados al probar el primer prototipo de constructo en animales, después de haber funcionado bien en cultivos celulares.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #20constructo atascado en células dendríticasratones inoculados con constructosistema inmunitario y avance del constructoantígeno sin llegada al destino…es donde empiezan a tener problemas y luego tienen que ir haciendo modificaciones sobre la marcha, que eso claro te lo cuentan en el material y método y uno tiene que ir hilando otra vez la historia. Bueno, los resultados en el laboratorio pues parece ser que Al principio, con el primer prototipo que hicieron de constructo, no funcionó bien. En el cultivo celular sí, pero cuando llega a ensayarlo con los animales algo falla. Primero, bueno, resulta que ese constructo se queda depositado en las células dendríticas foliculares; es decir, como que es, por decirlo de alguna manera, se atasca. Como hemos dicho, los ratones se inoculan, tienen que llegar hasta el sistema inmunitario y llega un momento que, por lo que sea, eso no avanza. Entonces, si el antígeno no llega donde tiene que llegar, pues no tenemos una inmunostimulación correcta. Resulta, y ya un poco por ir más al grano, que esos andamios habían quedado atrapados y por tanto no llegaban a esas células dendríticas foliculares que tenían que llegar para estimular luego todo el proceso…
Luisa Achaerandio describe cómo los investigadores observaron una proliferación de linfocitos B y una gran cantidad de anticuerpos tras optimizar la densidad del origami de ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #5anticuerpos no deseados en andamios proteínasorigami de adn actuando correctamenteproblemas con antígenos transportadoslinfocitos b y anticuerposorigami de adn optimizadoantígeno en origami de adn…B por cada millón y después de utilizar este sistema eso incrementa absolutamente y ahí sí tienen una ventaja muchísimo mayor que cuando se utilizaba el andamiaje de proteínas aquí es cuando consiguen origami de ADN, un punto, andamiaje de proteínas, cero. Aquí es donde está el mayor cambio en cuanto a los distintos sistemas, y es que el portar el antígeno en ese vehículo de proteínas no solamente estimulaba el sistema inmunitario, se producían anticuerpos que no queríamos y enmascaraban a los que sí querían. Ahora, después de solventar todos los problemas y que ya el origami de ADN llegue a actuar donde tiene que. Llegar. Ahora sí, ellos encuentran una explosión de este linaje de linfocitos B y además también recuentan una gran cantidad de anticuerpos frente a ese antígeno que ellos estaban portando en ese origami de ADN. Por tanto, y además se hace un resumen muy chulo, que es que el origami cuando se optimiza la densidad. Y la geometría se activa el complemento. Cuando se activa el sistema del complemento, mejor depósito en células dendríticas; esto hace que el centro germinal se promueva, que luego los linfocitos T colaboradores cooperativos se activen. Esto llega a los…
José Edelstein reflexiona sobre el extenso trabajo requerido para un estudio experimental con origami de ADN, mencionando la gran cantidad de técnicas utilizadas para evaluar células y anticuerpos en animales.
Habla: José EdelsteinSignificado #6ingeniería de proteínas para vacunasevaluación de anticuerpos en animalestécnicas para evaluar células y anticuerpostrabajo extenso estudio origami adn…pero vamos, varias veces. Sí, las figuras más bonitas, que son figuras como que se ve con un microscopio, son de crío electromicroscopía Bueno, he contado el número de técnicas diferentes, pero si me pongo, yo creo que más de 25 técnicas han utilizado Sí, Sí, entre el diseño, bueno, no recuerdo si el antígeno lo han hecho ellos o no. Ponía que era de ingeniería de proteínas, pero no sé si era de ellos. Todos los ensayos en cultivo, en animales, todas las técnicas luego que se han estudiado para evaluar la cantidad de células y de anticuerpos en los animales. Este ha sido un trabajo que le ha tenido que llevar muchísimo tiempo. Es de muchos autores, ¿no? Sí, 25 creo que conté. Los contaste y todo. Sí, sí, sí. Te esperabas la pregunta, hombre; eso, pero está justificado, no me refiero o sea, esto que dice la gente a la hora de evaluar. A mí me hicieron una pregunta hace poco: oye,…