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Luisa AchaerandioIgnacio CrespoJuan Carlos GilJosé EdelsteinFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetespectro del dímero normalestructura a encaja mejor que bajuste imperfecto al experimentoJuan Carlos Gilconformación AÁcido fosfóricoFase gasTemperatura criogénicaUteradoEuteraoHermesThe Journal of Physical Chemistry ACCDSTEnergía vibracional de punto ceroEstructura ADímeroPoxviridaeCapri-Pox virusInteligencia ArtificialIgnacio Crespo
Dímeros
Con
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Juan Carlos Gil describe cómo los resultados experimentales del espectro del dímero normal, sin deuterar, muestran que la estructura A encaja mejor que la B, aunque el ajuste no es perfecto.
…rho, si queréis, y lo que dice la cuántica Vamos a ver, por tanto, que dice, cómo podemos que la cuántica nos diga que nos debería salir en el experimento Vamos a calcular el espectro de las conformaciones A y B mediante los métodos cuánticos Eso es la figura 5 del artículo a la izquierda tenemos el dímero normal, a la derecha tenemos el deuterado y de arriba a abajo tenemos las tres cosas: las tres etapas. Arriba el experimento, que es lo que dice el universo; en medio la estructura A y abajo la estructura B. Por tanto, hay seis paneles. Bueno, con el dímero normal sin deuterar, el espectro calculado para A encaja bastante mejor que el B, aunque no perfectamente con el experimento, pero no es un encaje perfecto. Solo con esta información no seríamos capaces de discernir entre una y otra, pero entonces. Entra la parte de abajo de la figura, la deuterada, esa segunda música que os decía al principio y aquí la cosa está bastante más clara al sustituir el hidrógeno por deuterio. Algunas vibraciones que antes estaban juntas se separan y en el compuesto normal…
Significado #1
Ignacio Crespo explica que la clasificación de los virus se basa en la identificación y el uso de analogías, comparando la situación con la denominación en inteligencia artificial.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #10poxviridae y sus géneroscapri pox virus como ejemploanalogías en clasificación de virusinteligencia artificial y denominación…virus, ¿no? Sin mencionar familia o género, porque no están dentro del árbol taxonómico habitual. Aunque tienen su propia clasificación que yo desconozco completamente. Sí, es verdad que es conflictivo y es una cosa en la que nunca me he adentrado mucho. Sí que se suele hablar del grupo, la familia Poxviridae y dentro de ellos están géneros, aunque es análogo. Porque, claro, hablar de que es lo mismo como si fuera algo esencial. El género de un virus es con el que se identifique, no vamos a estar aquí poniendo etiquetas. Ahí tendríamos en principio géneros dentro de los cuales encontramos el Capri-Pox virus y dentro de ese los tres de los que hemos estado hablando hoy. Se han usado las mismas palabras, quizás no sea buena idea; pero lo hacemos todo el rato, si es que pensamos con analogías, vamos a hablar luego de la inteligencia artificial, pues dime tú si no estamos ahí haciendo licencias de cómo llamarle a las cosas. Bueno, pues vamos a ir pasando de tema y Juan Carlos, llevamos ya varias semanas posponiendo el tema que nos habías propuesto que te parecía muy interesante sobre el transporte de protones en el ácido fosfórico tengo mucha curiosidad realmente por qué es lo…
Juan Carlos Gil introduce un trabajo científico sobre espectroscopía vibracional criogénica del dímero desprotonado del ácido fosfórico, mencionando su publicación en The Journal of Physical Chemistry A y recordando una publicación previa relacionada con su tesis en The Journal of Physical Chemistry B.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #6espectroscopía vibracional criogénicaácido fosfórico dímero desprotonado…es perfectamente sano; de hecho, creo que se utiliza, aquí lo digo con boca pequeña, luego lo busco, se utiliza como aditivo alimentario. No sé lo que hace; supongo que formará un tampón para control de pH, pero esto me lo acabo de inventar y no estoy seguro. El trabajo del que os quiero hablar se llama Espectroscopía vibracional criogénica del dímero desprotonado del ácido fosfórico. Bueno, ya suenan todas las palabras porque creo que las he mencionado la mayoría. Se ha publicado en adierto en The Journal of Physical Chemistry A, una revista que, por cierto, me toca de cerca porque parte de los resultados, otra vez de mi tesis, lo publiqué en su hermana, The Journal of Physical Chemistry B, que antes solo había uno, pero a finales del siglo pasado se dividió en dos. Yo publiqué esto aproximadamente en el año 97. Bueno, el artículo aparecía a finales de diciembre, el 15 de diciembre, de hecho, en online, aunque en el volumen físico ya forma parte de este año. Bueno, la autora principal es una mujer, América Torres Boy,…
Juan Carlos Gil explica por qué se sustituyen los hidrógenos del ácido fosfórico por deuterio en un experimento, a pesar de que el cambio químico es pequeño.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #10deuterio en ácido fosfóricomasa del deuterio doble hidrógenofrecuencias de vibración bajanhuella espectroscópica muy diferentedímero normal 3 690 centímetros inversosbanda al deuterarlo 2720…aún, en cada uno de los dos montajes lo van a hacer con las moléculas normales, dimeronormal, y también con su versión deuterada, que no tiene nada que ver con los D2 de antes, sino que sustituyen los hidrógenos del ácido fosfórico por deuterio. ¿Para qué? Porque aunque químicamente la situación va a cambiar muy poquito, el cambio de un hidrógeno por un deuterio químicamente es difícil de caracterizar; sin embargo, la masa del deuterio es el doble que la del hidrógeno, tiene un neutrón más y, por tanto, las frecuencias de vibración bajan. Se trata ahora de mover cosas más gordas; las frecuencias bajan, por tanto, vamos a obtener una huella espectroscópica muy diferente. Químicamente son prácticamente la misma sustancia, pero vamos a poder estudiarla mirándola desde dos puntos de vista y esto se ve fenomenal en la figura 2 del artículo donde hay una banda estrecha que aparece en el dímero normal aproximadamente en 3.690 centímetros inversos y se ve que se va claramente la misma banda hasta los 2720 al deuterarlo. Y mola mucho porque si hacéis la relación, el cociente entre estos dos números de onda que os he dicho, sale 0,74, muy cerca de 1 dividido por la raíz de 2, que es 0,71, que es lo que esperaríamos en la aproximación más sencilla posible de vibración de un…
Juan Carlos Gil explica cómo el estudio del dímero de Uterado será crucial para diferenciar dos estructuras y destaca la compatibilidad entre los espectros obtenidos mediante diferentes técnicas experimentales, especialmente en el caso de Euterao.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #3dímero de uterado crucial para estructurasespectros compatibles euterao técnicas experimentalesmensajero hermes deuterio técnica compatible…de la molécula está fija como un reloj de péndulo, o sea que es súper chulo; le sale 0,70, vamos, que caso de libro para las clases; le sale 0,74 el cociente y 1 dividido por raíz de 2 es 0,71. Bueno, ya veremos cómo esta segunda música, este sobretono, si Me permitís, del dímero de Uterado va a ser bastante decisivo para distinguir dos estructuras que nos van a aparecer después. Bueno, además de que, como os digo, las dos técnicas experimentales son diferentes, los espectros que se obtienen en esta figura y en otras son perfectamente compatibles, especialmente en el caso de Euterao, que son casi idénticos; lo cual mola porque eso demuestra que ni el baño de helio ni el mensajero este que lleva Hermes en el brazo del deuterio en la otra técnica pues está afectando de forma significativa al espectro que nos interesa. Venga, después de este lío ya tenemos los espectros. Bueno, pues ahora necesitamos estructuras candidatas para ver si podrían generar esos mismos espectros. Y lo que hacen los autores es búsqueda computacional de las posibles geometrías del método utilizando…
Juan Carlos Gil describe cómo la energía vibracional de punto cero afecta a la diferencia energética entre las conformaciones A y B del dímero, indicando que los métodos cuánticos ofrecen dos estructuras posibles sin poder desempatar.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #7energía vibracional punto cero dímeroconformaciones a b del dímerométodos cuánticos estructuras posiblesccdstd referencia conformación b…¿La que enfrenta los deditos o la raruna? Pues hay empate técnico. Si miramos solo la energía electrónica, sí que los métodos favorecen a A, pero cuando incorporamos la energía vibracional de punto cero, esta diferencia se desploma y algunos métodos incluso Favorecen la estructura B. Con CCDST, que es el de referencia, la ventaja de A pasa de 3,85 kJ por mol antes de incorporar la energía de punto cero a 0,12 solamente, prácticamente cero. De hecho está más o menos en el orden de la incertidumbre del método. Así que la cuántica nos ofrece dos estructuras, dos conformaciones posibles para el dímero. Pero la energía por sí sola no consigue desempatar entre A y B. Esto es parte de lo que me ha gustado del artículo: que cada paso que daban, daban uno para adelante y otro para atrás; es bastante gracioso. Pero es que tampoco nos interesa estrictamente cuál es el Más estable, lo que estamos buscando es cuál favorece la transferencia protónica; estamos buscando la autopista de protones. Así que lo que vamos a intentar ver es cuál de estas dos combinaciones de dedos facilitaría esta transferencia de protones a través de…
Juan Carlos Gil describe cómo los resultados experimentales del espectro del dímero normal, sin deuterar, muestran que la estructura A encaja mejor que la B, aunque el ajuste no es perfecto.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1espectro del dímero normalestructura a encaja mejor que bajuste imperfecto al experimento…rho, si queréis, y lo que dice la cuántica Vamos a ver, por tanto, que dice, cómo podemos que la cuántica nos diga que nos debería salir en el experimento Vamos a calcular el espectro de las conformaciones A y B mediante los métodos cuánticos Eso es la figura 5 del artículo a la izquierda tenemos el dímero normal, a la derecha tenemos el deuterado y de arriba a abajo tenemos las tres cosas: las tres etapas. Arriba el experimento, que es lo que dice el universo; en medio la estructura A y abajo la estructura B. Por tanto, hay seis paneles. Bueno, con el dímero normal sin deuterar, el espectro calculado para A encaja bastante mejor que el B, aunque no perfectamente con el experimento, pero no es un encaje perfecto. Solo con esta información no seríamos capaces de discernir entre una y otra, pero entonces. Entra la parte de abajo de la figura, la deuterada, esa segunda música que os decía al principio y aquí la cosa está bastante más clara al sustituir el hidrógeno por deuterio. Algunas vibraciones que antes estaban juntas se separan y en el compuesto normal…
Juan Carlos Gil señala que el estudio se ha centrado en un dímero aislado en fase gaseosa a temperaturas criogénicas, lo que limita su capacidad para explicar la excepcional conductividad del ácido fosfórico.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #2dímero aislado en fase gasconductividad del ácido fosfóricomecanismo de la extraordinaria conducción…que esta había indicios de que aparecía en otros sistemas relacionados con los fosfatos, así que los autores sugieren que podría ser una estructura relativamente común o recurrente en la química del ácido fosfórico. Y la tercera, quería volver de nuevo a Poner un punto de pausa sobre el alcance del resultado, porque hemos estudiado el dímero aislado en fase gas y a temperatura criogénica, o sea, le hemos aislado hasta el extremo y por tanto no estamos explicando para nada el mecanismo de la extraordinaria conducción del ácido fosfórico si hemos identificado una posible pieza de forma muy plausible. La forma de continuar es evidente; hay que estudiar agregados desprotonados mayores, añadir más moléculas, más capacidad de cálculo. ¿Quién sabe si la IA va a resolver esto? Y bueno, aunque no hemos identificado la autopista de protones, sí que tenemos una…