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Alberto ApariciBorja TosarGastón GiribetFrancis VillatoroHéctor SocasJuan Carlos Gilanálisis adn en revistas science celldebate generado por análisis adnatractivo del análisis adnScienceCellAlberto ApariciADN mitocondrialDenisovanosNeandertalesADN nuclearADNFrancis VillatoroHomo longicráneo de HarbinNatureNeandertalChinaMarisa Castiñeira
ADN A
Con
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Héctor Socas reflexiona sobre dos artículos científicos publicados en las revistas Science y Cell, destacando que la discusión se ha centrado principalmente en el análisis de ADN debido a su atractivo y potencial para generar debate.
…¿no? Sobre cuántos seguros estamos de esta afirmación. Francis también planteaba esta investigación en la cual se concluía que había un Denisovano de vacaciones en España o algo así, bueno, en fin, estas cosas pueden pasar, pero recordemos que estamos. Hablando de dos papers diferentes que se publicaron, uno en Science y otro en la revista Cell, hemos estado hablando aquí sobre todo de la parte del análisis de ADN porque es lo más emocionante y lo que da más juego, pero también no recuerdo cuál era cuál; creo que el de Cell era el que hablaba del análisis. De ADN y el de Science hablaba de análisis de proteínas, que también es otro análisis que se ha hecho, que también arroja las mismas conclusiones, o sea que hay dos análisis diferentes que llegan a la misma conclusión. Dos análisis diferentes con dos técnicas…
Significado #1
Alberto Aparici explica los intentos fallidos de extraer ADN del cráneo de Harbin, señalando que se han analizado huesos densos como los dientes y el hueso petroso.
Habla: Alberto ApariciPalabras #14adn del cráneo harbinhueso petroso extracción adndientes como fuente adn…Entonces, tenemos esta situación en la que este cráneo se pasa cuatro años sin poder ser atribuido a nadie. Es una especie humana nueva que, como solo tiene un resto, pues a lo mejor igual se queda en un cajón y nunca se identifica. Con nada se intenta extraer ADN del cráneo varias veces. Los mejores lugares para extraer ADN son los huesos más densos, porque están más estancamente cerrados; digamos, los dientes suelen ser un buen sitio para extraer ADN del interior del diente. También el hueso petroso o el peñasco, que es un hueso de la parte lateral del cráneo, que es literalmente el hueso más denso del cuerpo humano. Intentaron encontrar ADN ahí y no lo consiguieron; fracasaron en ese sentido y dijeron: parece que este cráneo se ha pasado tanto tiempo fuera que a lo mejor ya no le queda ADN de ningún tipo en ningún sitio. Y este es un cráneo peculiar porque tiene toda la Parte de arriba del cráneo pero no tiene la mandíbula inferior. La mandíbula inferior si estaba inicialmente se ha perdido y a lo mejor es que ni siquiera estaba. Y entonces en esa mandíbula superior le queda un diente, un único diente, uno solo. ¿Vale?…
Francis Villatoro explica el proceso de análisis de ADN nuclear realizado sobre el sarro encontrado en un diente del cráneo conocido como 'Homo longi', y las dificultades para secuenciar fragmentos suficientemente largos.
Habla: Francis VillatoroPalabras #12adn nuclear homo longisecuenciación adn denisobanosvariabilidad humana moderno leandertalespuzzle adn referencia humano…pura emoción. Aquí los Men in Black empiezan a trabajar porque iba a decir algo importante como que es extraterrestre, que es lo que dice David Loeb. El próximo artículo. Bueno, en principio de este sarro, de esto que han encontrado en el diente han hecho un Análisis de ADN buscando ADN nuclear porque el ADN nuclear es el más claro. El ADN nuclear es muchísimo más largo y, por tanto, aunque encuentres muchos trozos, puedes acoplarlo, puedes ajustarlo a un ADN de referencia, un ADN de referencia humano y ver las diferencias; y esas diferencias de un único nucleótido, etcétera, son las que marcan si estás en una especie o en otra, si están dentro de la variabilidad propia del humano moderno o si corresponden a algo parecido a las variantes que se han observado en leandertales o las que se han observado en denisobanos. Y no se encontró, no se logró aislar adecuadamente, o sea, no se logró secuenciar, en la palabra técnica, trozos suficientemente largos porque lo que hace es coger los trozos e irlos poniendo como en un puzzle. Yo tengo varias. Copias de una pequeña región y tengo trozos un poquito más grandes que esa región y los voy colocando como en vertical y voy pegándolos como si fueran piecitas de Lego que voy colocando con los colores adecuados. Entonces no se logró reconstruir ADN nuclear,…
Alberto Aparici explica por qué el ADN mitocondrial es la primera fuente de información obtenida al secuenciar genomas antiguos como los de neandertales y Denisovanos, debido a su abundancia en las células.
Habla: Alberto ApariciPalabras #6adn mitocondrial de denisovanossecuenciación genomas antiguos neandertalesabundancia adn mitocondrial en célulasadn mitocondrial denisovano 16500 basesadn nuclear humano 3200 millones basesdiferencia adn mitocondrial nuclear albertoadn mitocondrial un millón veces más cortoadn mitocondrial humano tiene 37 genesadn nuclear posee unos 21000 genespseudogenes en adn nuclear suman 30000adn basura función desconocida…la mitocondria originalmente era una bacteria Es una bacteria que nuestros antepasados, nuestros tataratatarabuelos unicelulares, se incorporaron, digamos, esa bacteria al interior de las células Y en cada célula humana normalmente hay decenas, centenares, a Veces miles de mitocondrias. Entonces, copias del ADN de cada mitocondria hay muchísimas en cada célula. En cambio, copias del ADN de la célula, hay una en cada célula, con lo que cuando tienes escasez de ADN lo que encuentras primero siempre es el ADN mitocondrial. De hecho, cuando se empezaron a secuenciar los genomas de neandertales y todo esto también lo primero que se encontró es el ADN mitocondrial. Entonces, este ADN aunque es más corto y desde luego da poca información sobre el metabolismo digamos del Denisovano pues sí que permite saber cuál es su posición en el árbol familiar, Francis. Alberto, ¿qué significa más corto? Pues significa que el ADN mitocondrial, humano, neandertal, denisovano, son unos 16.500 bases. Exacto. Y el ADN nuclear, dividido en diferentes cromosomas, en el humano son 3.200 millones de bases. La diferencia entre 3.200 millones y 16.000 es lo que llama Alberto más corto Es concretamente casi un millón de veces más corto, de hecho, es extremadamente breve en comparación con el ADN nuclear, que es como se Llama el otro. El número de genes son 37 genes los que tiene el ADN mitocondrial humano y el ADN nuclear tiene unos 21.000 genes, más unos 30.000 pseudogenes, más una enorme cantidad de cosas aparte. Sí, exacto, este ADN que tradicionalmente se ha llamado ADN basura y que ahora ya no nos gusta mucho usar eso porque nos damos cuenta que muchas partes tienen alguna función, pero bueno, que la cuestión es que a cambio de ser muchísimo más corto hay muchísimas más copias con lo que Es mucho más fácil encontrar ADN mitocondrial que encontrar ADN nuclear, en ese sentido, y ese es el que se ha encontrado y es suficiente como para poder reconstruir la posición de este individuo en concreto dentro del árbol de la familia humana. Y aunque se…
Alberto Aparici advierte sobre la importancia de verificar la autenticidad del ADN antiguo extraído de muestras como el sarro dental, señalando que la mayoría del material genético obtenido es contaminación moderna.
Habla: Alberto ApariciSignificado #18 · Palabras #9adn antiguo sarro dentalcontaminación moderna adn dientesadenina citosina marcador adn…tiene sentido con los estratos para hacer todo este análisis. Eso no lo he contado porque tampoco quiero extenderme yo aquí y pasarme dos horas hablando de los denisovanos para compensar, pero para hacer todo este análisis uno tiene que estar seguro de que el ADN que está utilizando es ADN antiguo, cuidado porque de todo el ADN que sacas de ese poquito de sarro que hay en el diente, el 90% es contaminación moderna solo una cantidad muy pequeñita es antiguo y para identificar que sea antiguo pues hay una serie de marcadores, por ejemplo en el ADN la adenina se convierte en citosina. si no recuerdo mal Hay una serie de cambios químicos que ocurren simplemente porque los nucleótidos se degradan químicamente y hacen que un nucleótido que debería ser de un tipo se convierta en un nucleótido de otro tipo Entonces si tú ves un exceso de…
Alberto Aparici explica el proceso de análisis de ADN antiguo, detallando cómo los rigurosos tests aplicados reducen significativamente la cantidad de material genético utilizable.
Habla: Alberto ApariciPalabras #20tests severos reducen material genético2000 fragmentos adn analizados8000 posiciones nucleótidos adn…pasan mucho tiempo y se van degradando y eso te permite saber que las proteínas que estás sacando de ahí son proteínas antiguas o por lo menos tienen una alta probabilidad de ser proteínas antiguas en ese sentido. O sea que hay toda una serie de tests que Tú tienes que hacer para no estar analizando ADN, ¿qué pasaba por ahí simplemente? Y esos tests se hacen; son tests muy severos y te suelen dejar con muy poquito del ADN que tú sacabas. Tú sacas una gran cantidad de ADN y al final igual te quedas con, me parece que en este caso eran unos 2.000 fragmentos o algo por el estilo. Estoy hablando de memoria, no estoy seguro. No, estoy viendo aquí 8.000 posiciones de nucleótidos. Por lo tanto, 8 .000 pares de bases en total del ADN que tú vas a analizar. Es muy poquito, en realidad. Desde luego, además que no crean los oyentes que lo que estamos sacando de aquí es el ADN de una mitocondria como quien tira de una cuerda y lo saca entero. No, no, tú lo que tienes es muchos trocitos muy chiquitines. Me parece que la media de cada trocito…
Francis Villatoro explica cómo un resto inicialmente identificado como Denisovano fue reevaluado y finalmente se determinó que era Neandertal, basándose en el análisis de ADN nuclear.
Habla: Francis VillatoroPalabras #16adn nuclear identificó restos neandertalessecuenciación adn mitocondrial de baja calidadidentificaciones incorrectas cima de los huesosresto inicialmente identificado como denisovanoadn mitocondrial cráneo denisovanopaleogenómica adenisomano chinasecuenciar adn nuclear denisovano…ya, este relato no tiene sentido Claro, esto lo había hecho el propio grupo de Esbante Pavo y por supuesto firmaban el artículo todos los famosos de España Carbonell, Bermúdez de Castro, Ursuaga, etc. Pero al año siguiente, no, perdón, hubo mucha polémica Y se publicó en 2016 en Nature, o sea, tres años más tarde, pero prácticamente al año siguiente ya se estaba bastante claro de que no era adenisovano. Se logró secuenciar un trozo de ADN nuclear, muy poquito, muy poquito ADN nuclear, pero lo suficiente como para identificar, fuera de toda duda, de que ese resto era neandertal. Es decir, el ADN mitocondrial cuando se secuencia con una calidad pobre, con una cobertura muy baja y como ha comentado Alberto, si tenemos 8.000 pares de bases de un ADN que solamente son 16.500, tenemos menos de la mitad de ese ADN mitocondrial. Entonces es muy posible que haya identificaciones incorrectas, como pasó con la cima de los huesos, ese resto que se consideró ADN mitocondrial denisovano y que resultó ser un fósil neandertal; pues lo mismo en esta nueva identificación, tenemos que ser muy cautos en la parte. Paleogenómica. Hasta que no se puedan secuenciar trocitos de ADN nuclear o hasta que, de manera independiente de otro lugar, de este cráneo o de algún otro resto, no se logre secuenciar más ADN mitocondrial, debemos de poner en cuarentena que realmente por paleogenómica, por ADN mitocondrial, esto sea adenisomano. Sí, no es digamos firme en ese sentido. Hay opciones, porque los investigadores de China señalan que este cráneo de Harbin es morfológicamente similar a otro que es el cráneo de Dali, que es una cueva que ahora no recuerdo dónde está, yo creo que está en el sur de China. entonces ellos hipotetizan que podrían pertenecer a poblaciones emparentadas, de este cráneo…
Héctor Socas reflexiona sobre dos artículos científicos publicados en las revistas Science y Cell, destacando que la discusión se ha centrado principalmente en el análisis de ADN debido a su atractivo y potencial para generar debate.
Habla: Héctor SocasSignificado #1análisis adn en revistas science celldebate generado por análisis adnatractivo del análisis adn…¿no? Sobre cuántos seguros estamos de esta afirmación. Francis también planteaba esta investigación en la cual se concluía que había un Denisovano de vacaciones en España o algo así, bueno, en fin, estas cosas pueden pasar, pero recordemos que estamos. Hablando de dos papers diferentes que se publicaron, uno en Science y otro en la revista Cell, hemos estado hablando aquí sobre todo de la parte del análisis de ADN porque es lo más emocionante y lo que da más juego, pero también no recuerdo cuál era cuál; creo que el de Cell era el que hablaba del análisis. De ADN y el de Science hablaba de análisis de proteínas, que también es otro análisis que se ha hecho, que también arroja las mismas conclusiones, o sea que hay dos análisis diferentes que llegan a la misma conclusión. Dos análisis diferentes con dos técnicas…
Marisa Castiñeira pregunta sobre la cantidad de ADN mitocondrial necesaria para determinar si es una nueva especie o diferenciar dos especies similares.
Habla: Francis VillatoroPalabras #18adn mitocondrial especies marisa castiñeirasecuenciación genoma mitocondrial completoedad del mitocondrial…Y qué bueno, el tema también de que sea cero el fuselaje, pues tendría algo que ver con la coloración esta que estamos observando. Yo creo que están ensayando para poner publicidad en la nave, pero es un primer… No lo descartes, no. Pregunta Marisa Castiñeira que qué o cuánto ADN mitocondrial se considera para determinar qué es una nueva especie, diferenciar dos especies parecidas ¿Cuánto ADN mitocondrial? Bueno, en principio el ADN mitocondrial lo habitual en el presente, es decir, si yo cojo dos especies de la naturaleza y estudio su ADN mitocondrial la edad del mitocondrial se secuencia perfectamente todas y cada una de las bases y lo tengo completo. Entonces puedo compararlo y puedo hacer cierta filogenia con muchas garantías. En la edad metocondrial hay diferencias entre especies próximas, pero como lo podemos secuenciar con una enorme cobertura, es decir, con una precisión que tiene una garantía absoluta de que el par de bases en la posición 27 son exactamente eso, pues podemos…