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Árbol genealógico emborronamiento 4000 millones
Con
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Juan Carlos Gil describe cómo la transferencia horizontal de genes complica la reconstrucción filogenética a lo largo de miles de millones de años, generando un 'emborronamiento' en el árbol genealógico.
…porque puede haber dos organismos que realmente sean muy alejados pero que en determinados genes nos parecen comunes, pero no porque fuesen parálogos hace muchísimo tiempo sino porque se los han transferido hace 20 minutos en términos evolutivos, ¿vale? Así que esto produce un emborronamiento del árbol genealógico que, claro, a lo largo de 4.000 millones de años ponte tú a buscar; ese es el problema. Bueno, a pesar de todo este lío hemos conseguido identificar algunos parálogos universales y reconstruir estas pequeñas ramitas que se internan ligeramente en territorio preluca. ¿Y qué hacemos con ellos? Pues comparando las proteínas actuales podemos inferir estadísticamente la secuencia. De aminoácidos que tenían aquellas proteínas ancestrales y a partir de ahí a su vez podemos predecir su estructura tridimensional o la alfa-fold, intentar determinar o inferir qué función podían hacer e incluso en algunos casos podemos sintetizar, porque en…
Significado #1 · Palabras #1
Juan Carlos Gil explica cómo Moody y sus colaboradores utilizaron árboles filogenéticos con marcas de tiempo para extrapolar la edad del Último Antepasado Común Universal (UCA), llegando a una estimación sorprendente de 4.200 millones de años.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #15 · Palabras #13árboles filogenéticos marca de tiempoedad del uca moody colaboradorestierra formación hace 4540 millonesluca límite árboles filogenéticosherencia de luca elementos más antiguosparálogos de luca duplicación pre-lucadiferencias parálogos luca territorio pre-luca…B. Con lo cual tenemos dos árboles filogenéticos convergiendo en paralelo y como todos han evolucionado en el mismo contexto, en ellos quedan marcas de acontecimientos de especiación, lo que nos van poniendo mojones en la carretera, marcas de tiempo Bueno, pues con esos árboles hacia atrás y esas marcas de tiempo somos capaces de extrapolar. Es lo que hicieron Moody en colaboradores y llegaron a estos sorprendentes 4.200 millones de años. No he repasado si este estudio se ha revisado porque a mí me explota la cabeza que la Tierra se formase hace 4.540; creo que es la cifra actual, y 340 millones de años después ya estuviese el UCA este que no era nada sencillo. Vale, por lo que os he contado, esta convergencia hacia Un antepasado común parecería que hasta ahí podemos llegar, ¿no? Si todo converge en Luca, no parece que podamos llegar antes a Luca, ¿no? Porque Luca es obviamente el límite de los árboles de especies que podemos reconstruir mediante inferencia filogenética. Nos quedamos sin método, ¿no? Bueno, pues no estemos tan seguros, porque efectivamente Luca es nuestro tátara, tátara abuelo, pero en su ajuar, en su herencia, nos dejó cosas más antiguas que él mismo. Él ya tenía parejas o familias de parálogos, si Luca ya atesoraba dos de estos manuscritos, obviamente la duplicación ocurrió antes de Luca. Así que comparando las diferencias que fueron acumulando estos parálogos ya presentes en Luca, nos podemos avistar ligeramente en territorio pre-Luca y es a esto. A lo que se llama Parálogos Universales y es más o menos de lo que va a hablar el artículo que aparece en este contexto titulado: Los parálogos universales ofrecen una ventana a la evolución anterior al último ancestro común universal. Se publicó en Cell…
Juan Carlos Gil compara la transferencia horizontal de genes con monos saltando entre árboles para ilustrar cómo los genes pueden pasar de un linaje a otro.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #5transferencia horizontal de genesgenes resistencia antibióticos bacteriaslinajes árboles selva monos…En bacterias el ADN es circular y pequeñito, cuando se desmonta una bacteria puede que ese ADN quede por ahí y pueda ser ingerido por otra o incluso transportado por virus. Hay virus que pasan de un organismo a otro y se puede llevar un cachito de ADN con él. Se me ocurría que es parecido a los monos en la selva, ¿no? La mayor parte del tiempo lo pasan subiendo y bajando por su propio árbol, pero de repente uno valiente salta de una rama a otra, ¿no? Los árboles serían linajes y los monos saltarines, transferencia horizontal y es algo que ocurre a lo largo de toda la historia, sigue pasando hoy; esto no se ha acabado. Por ejemplo, con genes de resistencia antibióticos, un problema de primer orden que nos afecta y que las bacterias en particular luchan contra nosotros, haciendo esta transferencia horizontal que nos viene fatal. En general, la transferencia horizontal, como podéis imaginar, complica muchísimo la reconstrucción filogenética porque puede haber dos organismos que realmente sean muy alejados pero que en determinados genes nos parecen comunes, pero no porque fuesen…
Juan Carlos Gil describe cómo la transferencia horizontal de genes complica la reconstrucción filogenética a lo largo de miles de millones de años, generando un 'emborronamiento' en el árbol genealógico.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1árbol genealógico emborronamiento 4000 millonesparálogos universales reconstrucción ramitasproteínas actuales secuencia estadística gil…porque puede haber dos organismos que realmente sean muy alejados pero que en determinados genes nos parecen comunes, pero no porque fuesen parálogos hace muchísimo tiempo sino porque se los han transferido hace 20 minutos en términos evolutivos, ¿vale? Así que esto produce un emborronamiento del árbol genealógico que, claro, a lo largo de 4.000 millones de años ponte tú a buscar; ese es el problema. Bueno, a pesar de todo este lío hemos conseguido identificar algunos parálogos universales y reconstruir estas pequeñas ramitas que se internan ligeramente en territorio preluca. ¿Y qué hacemos con ellos? Pues comparando las proteínas actuales podemos inferir estadísticamente la secuencia. De aminoácidos que tenían aquellas proteínas ancestrales y a partir de ahí a su vez podemos predecir su estructura tridimensional o la alfa-fold, intentar determinar o inferir qué función podían hacer e incluso en algunos casos podemos sintetizar, porque en…
Juan Carlos Gil describe una figura del libro 'Parálogos Universales' que ilustra de forma simplificada la historia evolutiva a través de diferentes linajes.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #8esquema historia evolutiva parálogos universalesbacterias azules arqueas naranja eucariotaslinajes actuales desde el pasado abajo…¿no? Es el caso, y vamos a saltar a la figura 2 del panel A, está en la página 5, de la subunidad catalítica y no catalítica de la ATP sin tasa, que es así, del libro. En esta figura 2, que ya estaré un ratito hablando de ella, los que la veáis ahora o en el Futuro, tres pinceladas. En cada panel A, B y C el cuadrito de arriba es un esquema ultra simplificado de la historia. Está desde el pasado abajo hacia los linajes actuales arriba. Si la muestras exacto, muchas gracias. Los colores son azules bacterias, naranja arqueas y morado eucariotas; es la página 5. Ahí está ese figurón. Tres paneles A, B y C, el árbol vertical que os decía, súper simplificado, y abajo todo el árbol filogenético completo que sustenta el esquema de arriba; basta con mirar arriba, decía: azul, bacterias; naranja, arqueas; morado,…
Ignacio Crespo comenta el hallazgo de 14 vértebras de un Diplodocus en Teruel y explica cómo los paleontólogos expertos utilizan estos restos para reconstruir árboles genealógicos de especies.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #10diplodocus en teruelpaleontólogos expertos clasificacionesárbol genealógico especie diplodocusvértebras caudales diplodocus cola…están apoyados sobre una uña, sobre un dedo único; eso sí que es un tacón altísimo. Sí, sí, totalmente. Bueno, pues venga, entonces, este descubrimiento en Teruel, ¿qué nos dice entonces sobre el mundo? Que no lo he dicho realmente porque hemos dicho hemos. encontrado un diplodocus pero no se ha encontrado un diplodocus entero, raro sería. De todos modos han encontrado 14 vértebras que no está nada mal. Eso nos da bastantes pistas porque cuando un paleontólogo experto, que además hay que tener en cuenta el nivel de detalle y de obsesión por las clasificaciones que se tienen en algunas disciplinas científicas y paleontología es una de ellas, cuando ve una vértebra no ve una vértebra. Estaba hablándonos Borja de la geografía de otros planetas, ve exactamente lo mismo, este monte no debería estar aquí, este valle no debería ser asá, esto es cóncavo y debería ser convexo, conoce exactamente todas las pistas que ayudan a reconstruir las divisiones, el árbol genealógico, vamos a decir así, al que pertenece la especie. 14 vértebras, que son de la vértebra 22 a la 35 de la zona caudal, o sea, vértebras de la cola, han conseguido sacar conclusiones bastante sólidas. Se han fijado en detalles de estructuras que hay sobre todo debajo de la propia vértebra y lo que se llama chevrones, que podemos imaginarlo como una especie de quillas que se sitúan debajo y que en función de cómo están soldadas entre sí nos dan también…
Francis Villatoro explica que la construcción de árboles filogenéticos es un proceso aleatorio y dependiente de los datos genéticos o fósiles seleccionados.
Habla: Francis VillatoroSignificado #12árboles filogenéticos proceso aleatoriogenes seleccionados distribución de árbolesexploración paleontológica caracteres huesosfilogenia molecular depende genes proteínas…no son fenómenos objetivamente distintos. No hay una frontera donde se pase de micro a macro, es simplemente que la macro emerge de muchas micros cuando se acumulan durante muchísimo tiempo. Evolución atendida de forma micro, muchos linajes a la vez. La gracia es: tenemos que mirar señales genéticas distintas y nos queremos ir muy atrás en el tiempo, que estén muy bien conservadas. Y un punto clave que a veces se olvida: esto de los árboles filogenéticos es completamente una cosa torcástica y aleatoria. Depende de qué genes elijas, tienes una distribución de árboles diferente. Y esa distribución de árboles es evolutivamente significativa, semánticamente relevante a nivel evolutivo o no. Entonces tú tienes que elegir adecuadamente los genes o las proteínas o los caracteres de los huesos que has obtenido en una exploración paleontológica porque en función de los caracteres o de los genes o de las proteínas que tú elijas, los árboles son distintos y la filogenia molecular que reconstruyes es completamente distinta. ¿Es creíble o no es creíble? Y eso hace que muchos artículos de filogenia molecular te presentan en el paper principal uno o dos árboles y en la información suplementaria te presentan unos cientos de árboles. Luego han calculado decenas de miles de árboles.…