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Luisa AchaerandioJuan Carlos GilGastón GiribetIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor Socasshotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privadaCraig Venter InstituteCelera GenomicsProyecto Genoma HumanoADNFrancis VillatoroCraig VenterPCRCOVID-19Francis CollinsIniciativa PúblicaChogánCollinsJohn Craig VenterSciencePremio NobelQuiralidadSíntesis químicaproyecto Genomo AmanoFuturamaPrometeodoctor FrankensteinEstados UnidosHéctor SocasIgnacioNIH (Institutos Nacionales de la Salud)hospitales Carlos IIIJames Watson
Shotgun de venter y Celera Genomics
Con
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Francis Villatoro explica cómo Craig Venter aprovechó su técnica de shotgun para secuenciación y creó Celera Genomics, una empresa con gran financiación para competir con el Proyecto Genoma Humano.
…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas aclara la correcta escritura del nombre de Craig Venter, diferenciándolo de un personaje de ficción, y destaca su importancia en el ámbito científico.
Habla: Héctor SocasPalabras #9fallecimiento de craig venterconversación sobre craig venterfalta de tiempo en la tertuliacraig venter y el premio nobelimportancia científica de craig venterciencia ficción en trabajos de ventercraig venter científico tecnólogotecnología de identificación de genescraig venter fallecido en 1946…ve el cielo azul, pero hace un rato cuando estaba en la calle estaba nublado, o sea que, y nada, estamos bastante bien en Málaga y con muchas ganas de disfrutar de la tertulia, con todos vosotros. Hoy muy numerosa. Sí, me he ocurrido ahí, pero bueno, a gusto. Bueno, pues venga, vamos entonces al lío que tenemos mucho y variado. La semana pasada ya les adelantamos el fallecimiento de Craig Venter y dijimos que hablaríamos un poquito más del tema. Pero bueno, como nos suele pasar, al final nos quedamos sin tiempo y no tuvimos ocasión de volver a retomar ese asunto, así que lo vamos a hacer. Hoy hubo gente que se preocupó, tranquilo, no estamos hablando de Vender, el de Futurama sino Venter con V, Venter, con V y T, Venter, que como decíamos fue una persona de la que se ha hablado incluso en conversación de premio Nobel y bueno, hizo muchas cosas muy alucinantes, algunas más serias y otras casi casi rayando la ciencia ficción. entonces quizás Francis, si quieres empezar a hablar un poco y contarnos un poco la figura de este científico tan ilustre que nos ha dejado. Sí, Craig Venter es de estos científicos que están a la mitad entre lo que sería un tecnólogo, un gurú de la tecnología y lo que es un científico de ciencia básica. Craig Venter es eso, muy famoso en la década de los 80. Hay que recordar que él ha fallecido con 79 años, nació en 1946 en Estados Unidos y en la década de los 80 desarrolló una tecnología para identificar genes con pequeñas etiquetas. Esto, hay grandes diferencias, pero grosso modo es parecido a Lo que hace la PCR, que se volvió muy famosa con la COVID, teníamos unos pequeños trozos que identificaban diferentes genes o proteínas del coronavirus y entonces detectando esos trocitos en una muestra, por ejemplo, de saliva de una persona, podíamos saber…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter desarrolló la tecnología de shotgun para secuenciación, comparándola con un disparo de perdigones en lugar de una bala.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2 · Palabras #4shotgun para secuenciación de adntroceado de adn con shotgunbioinformática y ordenadores en shotguncraig venter y tecnología shotgunsecuenciación hemophilus influenzae 1995primer genoma completo craig venterhitos secuenciación organismo sencillitocraig venter instituto jcvihito genómica secuenciación primer genoma…revolucionaria porque permitió, aunque no se conocían todos los genes humanos, estamos hablando de los 80, permitió acelerar muchísimo la identificación de genes involucrados en ciertas enfermedades de base genética y ya a principio de la década de los 1990. pues realizó un avance muy importante a nivel biotecnológico, que fue el desarrollo de la tecnología de shotgun de secuenciación. Shotgun se suele traducir como perdigonazo. En lugar de hacer un disparo con una bala, lo haces un disparo con muchos perdigones. Entonces lo que haces es trocear un trozo de ADN en muchos trozos; son trozos muy pequeños, y después utilizas herramientas bioinformáticas, ordenadores, para ir pegando los trozos viendo los solapes. Vas poniendo todos los trozos y vas intentando ver qué zonas se solapan, y con eso vas construyendo una secuencia más larga a partir de esos solapes. Esta técnica de shotgun le permitió un enorme éxito en 1995, que fue el primer genoma completo de un organismo. Fue de hemophilius influenzae y la verdad es que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la... Básicamente, influenza viene de gripe. Aemophilus influenzae. La influenza se conoce. La gripe. Entonces, este hito fue un hito que, digamos, entre comillas, lo coloca en la historia de la genómica; pero realmente lo que le hizo muy, muy famoso fue desarrollar con una empresa privada, que era básicamente el... Craig Venter Institute, el instituto de Craig Venter, ¿no? Se suele conocer por las siglas porque él era John Craig Venter, o JCVI. Esto actuaba como un instituto privado, es decir, básicamente como Una empresa, si queréis una empresa sin ánimo de lucro, pero básicamente no era una institución científica per se. Y con este instituto decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran…
Francis Villatoro continúa explicando el contexto del Proyecto Genoma Humano, comparándolo con la técnica más innovadora desarrollada por Craig Venter para secuenciar genomas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #18proyecto genoma humano públicosecuenciación con técnica estándarsecuenciar hemophilus influenzae…decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran iniciativa, que es una iniciativa de principios de los 90, que era el Proyecto Genoma Humano, que desde la gran institución, el NIH, los Institutos Nacionales de Salud en Estados Unidos, que es la gran institución que financia la investigación biomédica, en España serían el Instituto, ¿cómo se llama? Los hospitales Carlos III, bueno, Carlos III, no me acuerdo de las siglas exactas, me acabo de olvidar. Este proyecto genoma humano proponía a nivel público secuenciar todo el genoma humano pero utilizando una técnica estándar, que es una técnica mucho más conservadora en la que secuencias grandes trozos primero; intentas localizar muy bien un trozo en un cromosoma, saber muy bien dónde está ese trozo, un trozo relativamente grande y ahora intentas secuenciar el trozo grande, lo que requiere una enorme cantidad, me aclara Ignacio, que son los institutos de salud Carlos III y si me permites hago otra aclaración porque cuando estabais hablando de hemófilos influenzae no quería interrumpir en ese. Momento, pero Héctor ha dicho el de la gripe; ojo, eso es el virus de la influenza. Estamos hablando aquí, aquí estamos hablando de una bacteria: bacterias respiratorias, sí.…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter aprovechó su técnica de shotgun para secuenciación y creó Celera Genomics, una empresa con gran financiación para competir con el Proyecto Genoma Humano.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1shotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privada…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Francis Villatoro describe las críticas recibidas por Craig Venter y Celera Genomics, quienes fueron acusados de aprovechar los avances del Proyecto Genoma Humano público.
Habla: Francis VillatoroSignificado #10 · Palabras #3avance iniciativa pública proyecto genomasecuenciación genes zonas sin repeticionesfragmentos información craig ventergenes y técnica de secuenciaciónaprovechamiento del proyecto genoma humano públicoresquemor entre comunidades genómicastemor a publicación anticipada de venterpublicación del genoma humanofondo cósmico microondas como analogíaacuerdo iniciativa pública craig ventertécnicas shotgun y tecnología venter…Famoso en este programa, por ejemplo, Carlos López Jotín. Son gente que estuvo en esa iniciativa, pero es que había que estar, no te quedaba otro remedio para hacer a alguien en los 90. Bien, pues la ventaja que tenía Craig Venter es que usando como, digamos, Esqueleto, como lo que estaba siendo publicado por la Iniciativa Pública él podía ir a colocar sus trocitos y entonces las zonas realmente interesantes que son los genes son zonas en las que no hay repeticiones y la técnica chocan rápidamente esta secuencia de los genes. ¿Pero dónde está este gen? Pues había que esperar a que la Iniciativa Pública encontrara parte de ese gen porque en el momento en el que encontrara parte del gen tú ya rápidamente colocabas tu gen en su sitio; eso desde el punto de vista de la Iniciativa Pública. fue digamos muy criticado había mucha gente diciendo es que este señor nos está pisando es que este señor si no existiéramos nosotros él no podría hacer nada y lo está haciendo gracias a nosotros entonces eso generó cierto resquemor y como ahí estaba metido toda la comunidad pues entre todas las comunidades genómicos que se dedicaban al tema de genes humanos pues todos estaban así con un poquito con la mosca de la oreja, ¿no? Haría un cierto temor. ¿Y si él, que está haciendo esto, publica el genoma completo tres meses antes que nosotros? Entonces, ¿debe la iniciativa pública a hablar Collins con Venter? Y decirle, mira, señor, vamos a ponernos de acuerdo y lo publicamos en el mismo momento, ¿no? Claro, el problema que tenía publicar el genoma humano es que es como todo la... Tú ves el fondo cómico microondas y tienes una única imagen. Tú ves el genoma humano y tienes un único genoma humano. ¿Es correcto o no es correcto? Entonces se llegó a la conclusión de que, bueno, venga, vamos a ver aquí entre amigos, dado que nosotros hemos usado lo vuestro y vosotros, la iniciativa pública también llega a usar técnicas Chogán y tecnología bioinformática desarrollada por Venter, vamos a intentar publicarlo Más o menos en el mismo momento, ¿no? Entonces se publicaron de manera simultánea, ¿no? Y eso pues relajó un poco la atención, pero siempre ha quedado esa atención, ¿no? Una vez hecho esto, pues ya estaba, digamos, la antesala para el premio Nobel. Aquí…
Francis Villatoro explica la actitud de Craig Venter tras la secuenciación del genoma humano, indicando que este esperaba recibir un premio Nobel y decidió cambiar de rumbo en su investigación.
Habla: Francis VillatoroPalabras #11premio nobel y craig ventersequenciación del genoma humanocambio de rumbo investigación venter…genoma humano, que se ha ido avanzando, se ha ido mejorando; había muchos problemas en ese, era un borrador, realmente era un borrador, no era una versión realmente definitiva. Ahora tenemos versiones mucho mejores, ¿no? Algunas publicadas recientemente. Pero ¿qué hizo Venter? Venter dijo, el premio Nobel me lo van a dar. Así que yo, a mí esto ya no me importa, me importa un comino. Yo voy a dedicar a otro tema. ¿Y cuál es el tema que a principios de los 2000 se puso de moda? alrededor del año 2000 se puso de moda la biología sintética. Básicamente por investigadores japoneses publicaron la idea de que era necesario y fundamental para el futuro de la humanidad que fuéramos capaces de hacer ingeniería de genes rigurosa y utilizando…
Francis Villatoro explica la motivación detrás del trabajo de Craig Venter en biología sintética: crear bacterias con un número mínimo de genes para utilizarlas como fábricas especializadas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #12bacterias como fábricas especializadasgenomas mínimos de bacteriagenes esenciales para la vida bacterianafabricación de penicilina por bacteriascraig venter y biología sintética…y que en 20 años íbamos a tener una cantidad de aplicaciones prácticas y una milmillonada de generación de... y ahora mismo pues estamos todavía en eso; se ha ganado mucho dinero con eso, pero todavía estamos muy verdes y todavía queda mucho por hacer, ¿no? Craig Venter se dedicó a esa parte de biología sintética a tratar de construir genomas mínimos, es decir, determinar cuál es el número mínimo de genes, los llamados genes esenciales, que permiten que una bacteria viva. ¿Para qué? Para que esa bacteria viva y nada más. Porque a mí me interesa como fábrica. Yo quiero que esta bacteria fabrique, yo qué sé, penicilina, por decir algo, una barbaridad. Pues para que fabrique penicilina yo quiero que esa bacteria se dedique 24 horas, 7 días a la semana a fabricar penicilina; que viva para fabricar penicilina, que viva, que sobreviva, que no se me muera, que se reproduzca para que los que se mueran sean sustituidas; que tenga lo mínimo imprescindible para estar viva, pero que solamente se dedique a fabricar lo que yo quiero. entonces la idea es, pues coge una bacteria muy sencilla, una bacteria tan sencilla que solo en un entorno muy controlado Eso sí, hay que evitar que se te escape, o se me escapa, problema sanitario, ética, científica, aquí vamos a matar a la gente, no, no,…
Francis Villatoro explica cómo se identificó la primera bacteria sintética, incorporando información personal y referencias al propio Craig Venter para marcarla.
Habla: Francis VillatoroSignificado #16 · Palabras #10bacteria sintética con dirección webgenoma de venter iniciativa privadaventer prometeo creador de vidanombre de venter en bacterias…Así, pero el resto de la bacteria es normal; ya, ya, sí, es normal. Cogemos una bacteria sencillita, le quitamos su ADN, fabricamos en laboratorio con síntesis química una molécula de ADN suficientemente larga y se la colocamos: primera bacteria sintética. En esa bacteria sintética, ¿cómo se sabe que es sintética? Bueno, pues porque le hemos puesto una dirección de una página web, porque le hemos puesto mi nombre; a Venter le encantó. Uno de los genomas que secuenció varios en la iniciativa privada fue el propio genoma de Venter. Venter puso su nombre en muchas cosas de las que hizo, y entonces bueno, eso le volvió famoso porque lo convirtió en una especie como de nuevo Prometeo, de creador de la vida, como el doctor Frankenstein. Cosas tan sencillas como sintetizar un ADN y ponerlo, ¿vale? La ventaja de la química, Juan Carlos aquí es el experto, es que una molécula es una molécula. La sintetice de manera natural una bacteria o la sintetice un químico en un laboratorio: la molécula es…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter logró gran visibilidad mediática gracias a publicaciones en la revista Science y cómo esto contribuyó a su reconocimiento como una figura destacada en la genómica.
Habla: Francis VillatoroSignificado #7síntesis química quiral premio nobelventer en science y genómicaquiralidad controlada técnicas recientes…¿vale? Si la molécula es la misma, ¿vale? Otra cosa es que hayamos añadido algún residuo, alguna cosita, un grupo funcional, alguna movida, ¿no? Entonces y bueno, hizo... o en antiómeros, o efectos ópticos. O efectos ópticos: mucha síntesis antigua generaba. Varias versiones quirales de las moléculas. Exactamente, quiralidad; y bueno, hoy en día ya eso está bastante controlado. Hay técnicas, de hecho han recibido premio Nobel recientemente las técnicas que han permitido sesgar toda la síntesis química para que solo salgan las que tengan una cierta quiralidad, etc. Entonces, Venter ha estado constantemente en los medios y ha tenido la gran suerte de que la revista Science le ha publicado muchísimas de las cosas que ha hecho y le ha dado mucho bombo y mucho platillo, con lo que se ha convertido uno de los grandes de la genómica de la historia de los últimos 50 años de historia. O sea que estamos ante el fallecimiento de una de las figuras, uno de los gurús más importantes que ha sido polémico y que todo el mundo esperaba, yo primero, esperábamos que recibiera el premio Nobel: un premio Nobel Collins-Benter al proyecto Genoma Humano.…
Francis Villatoro explica cómo la gente con animadversión hacia Craig Venter, a quien describe como un enemigo y un diablo, se negó a nominarlo para un Premio Nobel en relación con el Proyecto Genoma Humano.
Habla: Francis VillatoroPalabras #8animadversión hacia craig ventercraig venter y proyecto genoma humanonominación de collins por genomo amanofallecimiento de venter y premio nobel…un campo afín. Entonces, todos los que pueden hacer candidaturas, nominar a candidatos a un premio Nobel por el proyecto Genoma Humano, son personas que en los 90 estuvieron trabajando para el proyecto Genoma Humano y esas personas son personas que le tenían. Mucha tirria a Venter, el odioso enemigo, el diablo, el que nos quiere robar la fama. Entonces no vamos a nominar a Collins y a Venter, a Collins el guapo dios y a Venter el demonio, el feo; no, no, no, no porque entonces le dan el premio al feo y no queremos que esto no se puede consentir. Ahora que ha fallecido Venter es posible que mucha de esa gente el año que viene, en enero, nomine a Collins por el proyecto Genomo Amano; en enero, el año que viene, aprovechando el fallecimiento de este año de Venter. Las nominaciones de este año ya pasaron, fueron en enero; estamos en mayo, entonces es posible que para el año que viene haya un premio Nobel al proyecto Genomo Amano. Una pregunta, sabemos que el premio Nobel se puede dar como máximo a tres personas, ¿no? Y ya Francis nos ha desvelado quién es el bueno y quién es el feo, quién es el malo en la historia. Bueno, aquí en principio puede haber mucha gente, ¿no? No, quiero…
Francis Villatoro continúa su reflexión sobre James Watson, explicando que este tiene una imagen pública negativa, a pesar de haber sido director del proyecto Genoma Humano antes que Craig Venter.
Palabras #18imagen pública negativa james watsondirector proyecto genoma humano watson…otro personaje que aparece vemos a Collins y el siguiente nombre es Watson, ¿por qué? Porque hemos oído hablar mucho de él, porque ya tiene un premio Nobel, recordemos eso, y darle un segundo sería extraño, puede pasar, pero recordemos que es atípico y porque Tiene muy mala prensa, muy merecida; el malo le vale por eso como apelativo y también le hace un poquito más difícil que se reconozca su peso a pesar de haber sido también director del proyecto Genome Humano previamente a la entrada de Venter. Sobre Collins y acabo esta intervención que no quería que fuera demasiado larga. Francis ya lo ha dejado caer para todos los que Más o menos sepan de qué va el premio ese, pero es cierto que algunos no lo conocerán y Collins se ha acercado de forma muy explícita a la apología de la religión, del cristianismo además, durante los últimos años. No como algo personal, como una experiencia…