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Ignacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroJosé EdelsteinHéctor SocasSilvana TapiaIsabel CorderoLuisa AchaerandioGastón Giribetorigami de adn para antígenoingeniería de proteínas optimizadaantígenos neutralizantes contra virusADNVIHEOD-GT8GP120linfocitos Borigami de ADNIsabel CorderoLuisa AchaerandioJosé EdelsteinIgnacio CrespoFrancis VillatoroAlpha Genome
Ingeniería de Proteínas optimizada
Con
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Luisa Achaerandio explica cómo los autores buscan crear un origami de ADN para incluir un antígeno específico generado mediante ingeniería de proteínas.
…esto de hecho, bueno, es precioso. Los dibujos se ven ahí, la figura geométrica y es preciosa, pero no sé si serían capaces de hacer estructuras más grandes, en principio para lo que son los objetivos de este artículo y de otros anteriores, que es portar o Vehiculizar algo como una especie de nanocápsula, en principio parece que eso es sencillo; ya otras estructuras más grandes, ya eso pues claro, se aumenta en dificultad. Bueno, entonces uno de los primeros objetivos de los autores es conseguir eso, hacer un origami con el ADN y en el origami, en esa figura geométrica del ADN, pues incluirle ese antígeno concreto que también es algo que se ha generado, como he dicho, por ingeniería de proteínas y está optimizado para intentar estudiar el antígeno. Estimular al máximo nuestro sistema inmunitario y que se produzcan esos antígenos que son tan neutralizantes y que podrían pues como he dicho pues neutralizar al virus, valga la redundancia. Luego además dicen: bueno, nosotros hemos ideado este sistema pero queremos saber si es mejor a lo que ya existe, que es el sistema de proteínas. Entonces también compara y luego lo más importante quieren analizar cómo, o sea, no solamente conseguirlo,…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro lamenta que el artículo reciente no haya traído consigo un descubrimiento significativo, a diferencia de otros casos donde se ha utilizado software para resolver problemas complejos como el plegado de proteínas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #19software para el planteamiento de proteínasplegado de proteínas más difícilartículo sin descubrimiento significativo…validar: es en un trozo muy concreto de ADN se comprueba lo que dan todas las herramientas actualmente disponibles y se comprueba que Alpha Genome da prácticamente el mismo resultado, con lo que podemos confiar en el resultado y aporta muy poquito más nuevo. Esa es la pena; es decir, este artículo no nos viene acompañado de un descubrimiento. No es como: tengo un software para el planteamiento de proteínas, voy a plegar la proteína más difícil de plegar. Aquí tenéis una estructura; esto es súper difícil, pero bueno, aquí todo tenéis. A ver si es bueno o es malo; aquí lo que Se ha querido es validar la metodología y lo que para mí me parece interesante, más interesante de este artículo es lo que promete. Lo que promete es que DigMind se lo está tomando en serio y va a seguir trabajando en esto. Y cuando tengamos una ventana que…
Ignacio Crespo explica la estrategia para mejorar la producción de anticuerpos, señalando que se basa en optimizar los sistemas existentes y que ya se ha intentado antes mediante el uso de nanopartículas proteicas.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #13nanopartículas proteicas anticuerposantígenos sistema inmunitario reaccionavehiculizar antígenos proteínas…pero son minoritarias, entonces estamos hablando que queremos, bueno que quieren los autores que ese anticuerpo que es el capaz de neutralizar al 90% de las partículas víricas sea el que más se produzca y para eso pues tienen que tener una estrategia. ¿En qué se basa esta estrategia? Bueno, pues en este caso mejorar todos los sistemas que existen hoy en día para generar esa producción de anticuerpos. ¿Esto no se ha intentado antes? Sí, se ha hecho. ¿Con qué estrategia? Bueno, pues se han intentado metiendo antígenos, es decir, esa partícula frente a la cual nuestro sistema inmunitario reacciona, reconoce y empieza a sintetizar anticuerpos, pero en este caso lo que se ha hecho hasta el momento es vehiculizarlo en nanopartículas proteicas. Eso es lo que existía hasta el momento. Bueno, había un problema, se ha intentado solucionar en trabajos anteriores vehiculizando esos antígenos en proteínas y estos autores han visto que eso no funcionaba, de hecho seguimos sin disponer. Ni siquiera de prototipos eficientes de vacunas y ellos han querido ir un paso más allá, mejorando esa tecnología de transporte. Esas nanopartículas proteicas iban bien, no es algo que digamos que no ha funcionado nunca, pero tiene una serie de fallos y bueno…
Isabel Cordero comenta un inmunógeno experimental contra el VIH llamado EOD-GT8, diseñado mediante ingeniería de proteínas para inducir la producción de anticuerpos y destaca su nombre poco convencional.
Habla: Isabel CorderoPalabras #2eod-gt8 inmunógeno experimental vihingeniería de proteínas para inducir anticuerposorigami de adn antígeno concretoeod gt8 inmunógeno experimental vihproteína gp120 del vih modificadalinfocitos b específicos eod gt8origami en diseño de vacunas…de ADN, pues bueno, pues simplemente tenemos que ponerle el antígeno y ver cómo funciona tanto en sistema sin vitro como luego en sistema sin vivo Por tanto los autores se plantean precisamente eso, diseñar un origami de ADN que en concreto porte el antígeno Frente al cual el sistema inmunitario tiene que reaccionar. Me ha hecho mucha gracia, yo no lo había escuchado mucho: el antígeno concreto que pone en el origami de ADN se llama EOD-GT8, que es un inmunógeno experimental contra el VIH y se ha diseñado mediante ingeniería de proteínas precisamente para inducir la producción de anticuerpos y además de este tipo inducir con mucha intensidad. Lo que me ha hecho más gracia es el nombre. que digo bueno pues como suele ser habitual en ciencia que ponemos ahí las primeras letras o números que se nos ocurren pero esas seis letras significan todo esto y lo he traducido al español Dominio externo de la proteína GP120 del VIH modificado en el laboratorio, barra, octava versión optimizada para activar linfocitos B muy específicos. O sea, más síntesis imposible. O sea, todo eso se resume a EOD barra GT8. Ahí está el origami. Totalmente. Te hago una pregunta. Yo creo que se resumiría en ole, ¿no? Y lo he traducido y digo: no me puedo creer que todo esto sean esas seis letras. Bueno, pues ese es el primero. Espera, creo que Gastón quería decir algo, preguntar algo. No, no, quería; no, que me interesa esto, quería desde la ingenuidad, ¿no? O sea, uno…
José Edelstein explica cómo la técnica de origami de ADN permite crear pequeñas estructuras geométricas para transportar moléculas, comparando este proceso con la forma en que las proteínas cumplen una función similar.
Habla: José EdelsteinSignificado #18origami de adn transporta moléculasproteínas como caballo de troyamoléculas y sistema inmunitario…un vehículo, una cosa sencillita, no tanto tienen las figuras geométricas, simplemente que sea capaz de llevar la molécula que tú quieras, con la liberación de medicamentos pues lo mismo simplemente a lo mejor con algo que logre encapsularlo es suficiente. Claro, la palabra origami hace referencia a algo mucho más grande; aquí simplemente estamos haciendo referencia a que podemos podemos hacer pequeñas estructuras geométricas que permitan cumplir el objetivo que queremos, que es que se lleven una, digamos, una molécula. Las proteínas lo hacen; lo único que tienen es inconveniente, que son reactivas y en el sistema inmunitario reacciona ante ellas. Es un caballo de Troya total. Sí, sí, claro. Yo también quería decir que en el Laboratorio hay un concepto de tasa, es decir, tú puedes hacer un intento, un ensayo, un trial, un ensayo, y en sílico y también a nivel celular, pero luego te sale una tasa, una tasa de efectividad con esos parámetros que tú has puesto, entre ellos está el…
Luisa Achaerandio explica cómo los autores buscan crear un origami de ADN para incluir un antígeno específico generado mediante ingeniería de proteínas.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1origami de adn para antígenoingeniería de proteínas optimizadaantígenos neutralizantes contra virus…esto de hecho, bueno, es precioso. Los dibujos se ven ahí, la figura geométrica y es preciosa, pero no sé si serían capaces de hacer estructuras más grandes, en principio para lo que son los objetivos de este artículo y de otros anteriores, que es portar o Vehiculizar algo como una especie de nanocápsula, en principio parece que eso es sencillo; ya otras estructuras más grandes, ya eso pues claro, se aumenta en dificultad. Bueno, entonces uno de los primeros objetivos de los autores es conseguir eso, hacer un origami con el ADN y en el origami, en esa figura geométrica del ADN, pues incluirle ese antígeno concreto que también es algo que se ha generado, como he dicho, por ingeniería de proteínas y está optimizado para intentar estudiar el antígeno. Estimular al máximo nuestro sistema inmunitario y que se produzcan esos antígenos que son tan neutralizantes y que podrían pues como he dicho pues neutralizar al virus, valga la redundancia. Luego además dicen: bueno, nosotros hemos ideado este sistema pero queremos saber si es mejor a lo que ya existe, que es el sistema de proteínas. Entonces también compara y luego lo más importante quieren analizar cómo, o sea, no solamente conseguirlo,…
Luisa Achaerandio describe cómo los investigadores observaron una proliferación de linfocitos B y una gran cantidad de anticuerpos tras optimizar la densidad del origami de ADN.
Habla: Luisa AchaerandioPalabras #17linfocitos b y anticuerposorigami de adn optimizadoantígeno en origami de adn…vehículo de proteínas no solamente estimulaba el sistema inmunitario, se producían anticuerpos que no queríamos y enmascaraban a los que sí querían. Ahora, después de solventar todos los problemas y que ya el origami de ADN llegue a actuar donde tiene que. Llegar. Ahora sí, ellos encuentran una explosión de este linaje de linfocitos B y además también recuentan una gran cantidad de anticuerpos frente a ese antígeno que ellos estaban portando en ese origami de ADN. Por tanto, y además se hace un resumen muy chulo, que es que el origami cuando se optimiza la densidad. Y la geometría se activa el complemento. Cuando se activa el sistema del complemento, mejor depósito en células dendríticas; esto hace que el centro germinal se promueva, que luego los linfocitos T colaboradores cooperativos se activen. Esto llega a los…
José Edelstein reflexiona sobre el extenso trabajo requerido para un estudio experimental con origami de ADN, mencionando la gran cantidad de técnicas utilizadas para evaluar células y anticuerpos en animales.
Habla: José EdelsteinSignificado #7 · Palabras #9ingeniería de proteínas para vacunasevaluación de anticuerpos en animalestécnicas para evaluar células y anticuerpostrabajo extenso estudio origami adn…pero vamos, varias veces. Sí, las figuras más bonitas, que son figuras como que se ve con un microscopio, son de crío electromicroscopía Bueno, he contado el número de técnicas diferentes, pero si me pongo, yo creo que más de 25 técnicas han utilizado Sí, Sí, entre el diseño, bueno, no recuerdo si el antígeno lo han hecho ellos o no. Ponía que era de ingeniería de proteínas, pero no sé si era de ellos. Todos los ensayos en cultivo, en animales, todas las técnicas luego que se han estudiado para evaluar la cantidad de células y de anticuerpos en los animales. Este ha sido un trabajo que le ha tenido que llevar muchísimo tiempo. Es de muchos autores, ¿no? Sí, 25 creo que conté. Los contaste y todo. Sí, sí, sí. Te esperabas la pregunta, hombre; eso, pero está justificado, no me refiero o sea, esto que dice la gente a la hora de evaluar. A mí me hicieron una pregunta hace poco: oye,…
Luisa Achaerandio y José Edelstein continúan la discusión sobre la evaluación de artículos científicos, comparando enfoques basados en estructuras de proteína con modificaciones posteriores basadas en ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #5estructura de proteína como basemodificaciones basadas en adnproteínas mejores que adnluisa achaerandio y jose edelstein…han hecho entre 17 personas, además con el mismo conocimiento, entonces bueno, eso ya puede chirriar. Claro, no, pero súper bonito y súper, lo que decían, ¿no? Como parecía que, ay, y me he encontrado la piedra, pero venga, vamos a levantarnos y a ver si... Además, ellos tenían como base la estructura de proteína; digamos que el vehículo de proteínas era como: esto es nuestra línea base y tenemos que ser mejor que eso. Entonces, cuando ellos hacían una modificación decían: no, las proteínas siguen siendo mejores, a ver qué es lo que pasa, qué puedo modificar para que sea mejor. Y vas leyendo el artículo y venga: punto para las proteínas, cero para el ADN. Otra vez, punto para las proteínas, cero para el ADN, hasta que ya consiguen sobrepasar las propiedades que da el vehículo proteico. Estaba pensando, creo que esto es la primera vez que pasa en Coffee Break, que hay un cambio de día durante la grabación. Yo…