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Sara RobiscoJuan Carlos GilHéctor SocasGastón Giribetpealoplantis detecta vida en martequimiofector reacción membrana pealoplantisalloplanctis cinco seis horasb subtilis muchas horasmicroorganismos individuales martefotografías hora tres horas bacteriasclasificador 5 o 500 machine learningentrenamiento sistema sencillito ordenador casamachine learning detección vida martequimiofector comparado con algasmedio cultivo estándar bacteriascultivo de agar como controlarquea coloniza con concentracionesbacterias aumentan población 300-400experimento sara robisco bacterias arqueareacción microorganismos l-serina marterepulsión concentración minimoles l-serinaatracción mayor concentración l-serinapaper resiliencia experimento vidaarquea atraída por ereselinah-volcani coloniza l-serinaexperimento vida en marte sara robiscobiólogos usan microsoft excelanálisis de datos en marcfalta de familiaridad con rSara RobiscoL-serinaArkeaEreselinaH-VolcaniMarteUniversidad de BerlínUniversidad de LisboaPortugalUniversidad de LeibnizP. aloplanktisMachine LearningAlloplanctisB subtilisBacillus subtilisPseudohalteromonas aloplantisAloferax volcaniHéctor SocasRyuguEspacioMicroorganismosB. subtilisPealoplantisMicrosoft Excel
Experimento vida en Marte Sara Robisco
Con
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Sara Robisco explica un fenómeno inesperado observado en uno de los microorganismos utilizados en experimentos para detectar vida en Marte, relacionado con su reacción a la L-serina.
…Pealoplantis, se empezó poniendo en el estudio como control porque no se siente atraída por este quimiofector. al contrario, los estudios hasta ahora demostraban que le repelía, entonces dijeron vamos a ponerla porque le arrepele, vamos a ver qué pasa Bueno, pues ¿qué pasa? Que cuando atraviesan la membrana y se van al quimiofector se quedan quietas. Dicen: esto es para mí, esto es para mí; pues ya me quedo quietecita, ya no me muevo más, y ese es el momento de hacer una única foto que puede ser una a la hora y otras tres horas porque se ha estudiado que estas bacterias a partir de cinco o seis horas en el caso de Alloplanctis y me parece que muchas más horas en B. subtilis empiezan ya a crear. Colonias y no les interesa esas colonias y les quieren ver el microorganismo que ha llegado. Entonces, según se posan a la hora, hay una primera foto a cabo de una hora y otra a las tres horas y detectas las bacterias, los elementos que hay y los cuentas. ¿Por qué? Porque están quietos, con una única foto ya tienes un detector que te dice hay o no hay o si quieres complicar un poquito pero tampoco necesitas potencia de cálculo cuenta esos puntitos y te devuelve tu clasificador 5 o 500 o lo que sea, entonces está muy bien porque el tiempo de computación y el tiempo de entrenamiento este sistema de Machine Learning es muy sencillito, necesitas muy poquitos recursos y muy poquito tiempo. En un ordenador normal de casa se podría incluso entrenar. Hasta aquí todo bien. Pero, ¿qué pasa? Hemos dicho que han encontrado. Pues mira, han probado con concentraciones de quimiofector y con un medio normal, el típico de la placa del alga. ¿Cómo se llama el alga que ponemos en las placas redondas? Bueno, el típico medio que ponemos en las placas de cultivo de bacterias. El cultivo de agar es el medio que han cogido como medio control y luego los medios con el eserina. Bueno, pues han hecho el experimento y efectivamente con las concentraciones que ellos ponen, tanto las dos bacterias como la arquea colonizan, vamos, colonizan, se posan y aumentan entre un 300-400% la población que hay. Claro, de no tener nada a tener un montón, o sea, es ese aumento de población. ¿Qué pasa? ¿Qué dice Sara? Pero una de ellas se sentía repelida, ¿qué ha pasado? Pues que los estudios demostraban que se sentía repelida con una concentración de menos minimoles de L-serina, pero se han dado cuenta de que a mayor concentración sí que se siente atraída. Y esto es interesante porque es la primera vez que se ha demostrado y es una cosa pues que ha salido por resiliencia en el propio paper. Otra cosa que nadie sabía es que la Arkea no se había visto que se sentía atraída por la Ereselina ni se había medido y se ha visto que sí, y la atracción es bastante tremenda. H-Volcani coloniza muy bien, invade muy bien la L-Serina. El experimento es muy completo y la verdad es que es muy prometedor porque estas cosas están curiosas; cosas que he visto porque tiene problemas. ¿Qué problemas tiene? Pues a la hora de hacer los análisis de datos, aquí son, porque son bastante sinceros, ellos son biólogos. Entonces, ¿qué han hecho? El análisis de datos, los recuentos que han hecho y tal, lo han hecho con Microsoft Excel. Y dices, tío, que tenéis R, pues no se les daba, no se les daba. Con esto de usar el Excel para programar, espera, sí, sí, pero tanto los pi valores para ver un poco las correlaciones y tal. Los hicieron con un script de Python, vale, pero como no sabían programar, han implementado todos los scripts y lo pone aquí usando…
Significado #3 · Palabras #1
Sara Robisco continúa la conversación sobre un artículo científico relacionado con la quimiotaxis, explicando que es un estudio colaborativo entre varias universidades, incluyendo la Universidad de Berlín y la Universidad de Lisboa.
Habla: Sara RobiscoSignificado #4 · Palabras #5estudio universidades berlín lisboabúsqueda vida en martebiomarcadores contorno geológicomicrobios posible vida marcianaexperimento interactivo sara robiscomicrobios al microscopio casamuestra agua dudosa procedenciajuego oyentes redes socialesmicroorganismos en muestras de aguapartículas en suspensión placamovimiento rápido microbios aguavelocidad microorganismos en el espaciocapturadora de imagen rápidadetector imágenes machine learningrecursos equipo pesado sara robisco…mojar en ese sentido pero bueno, es interesante. Y en esta revista ha salido este artículo que nos va a contar Sara sobre una cosa que se llama la quimiotaxis, que es la capacidad de los microbios de moverse. Claro, tienen que ir en taxi porque son muy vagos. Muy vagos, exacto. Me autosaco la tarjeta ya. Exacto. Bueno, realmente estos alemanes es un estudio de varias universidades: Universidad de Berlín, la Universidad de Lisboa también en Portugal también participa, Universidad de Leibniz, he visto por aquí. Hay bastantes personas participando y es interesante porque dice a ver, nosotros cuando vamos a otros planetas, bueno, a otro planeta en nuestro caso, a Marte, ¿qué buscamos? Pues eso, las huellas de posible vida o posibles restos de vida; estamos buscando en un contorno geológico, ¿no? Revisamos la geología de la zona buscando biomarcadores y dice allí: ¿y por qué no buscamos microbios? Entonces a uno de ellos se le ocurrió: ¿y si buscamos microbios? Y dijeron: vale, ¿y los microbios qué característica tienen? Dice: pues yo cuando miras un microbio al microscopio, aquí quiero que todos los oyentes cierren un poco los ojos y se acuerden; vosotros si tenéis un microscopio en casa y si no estáis tardando. Cuando coges una gota de agua de dudosa procedencia, cualquiera para investigar, ¿qué podemos hacer una cosa, un juego con los oyentes? Podéis contarnos en redes sociales de dónde habéis cogido muestras. ¿Y qué habéis visto? Bueno, pues cuando cogemos esas gotas de agua, las ponemos en la placa y observamos los microbios, pues tenemos varias cosas: partículas en suspensión y los microbios, ¿no? ¿Y qué pasa con los microbios? Que todos vemos que cruzan como súper rápido, y luego otro por ahí, van como locos, ¿no? Entonces claro se les ocurrió porque esto tiene un problema. Esa velocidad y es que si tú tomas una muestra en el espacio para estar detectando estos seres vivos a esa velocidad que se mueven, necesitarías una capturadora de imagen muy, muy rápida que sea capaz de pillarlos en ese momento. Un detector de imágenes por Machine Learning muy potente que consumiría muchos recursos, entonces tendrías que tener un equipo muy pesado, muy potente y eso no es viable, entonces dice esta gente: vale, tenemos que crear algo para pillarlos, dice: oye, ¿Y si los pillamos quietecitos una vez que los atrapamos? ¿Cómo los atrapas? Pues esta es la cuestión: se les ha ocurrido un invento que consiste en dos cámaras separadas por unas micromembranas de tal forma de que tú pones tu trozo de sedimento en una parte…
Sara Robisco continúa explicando el proceso de experimentación, detallando que los investigadores han reproducido un experimento previo y se enfrentan a desafíos como la selección de membranas adecuadas para capturar microorganismos.
Habla: Sara RobiscoSignificado #14 · Palabras #8membranas para capturar microorganismosbacillus subtilis experimento reproducidopseudohalteromonas aloplantis selección membranasarquea aloferax volcani desafío experimentaciónbacillus subtilis en el sueloencapsulamiento de bacteria para sobrevivirtemperaturas hasta 100 grados bacillus subtilisexoesqueleto bacterial para funciones vitales…una potencia de cálculo enorme, simplemente con un PC chiquitito te va el día. Entonces esa aproximación es muy buena, pero claro, como decimos, de dicho al hecho hay un trecho; entonces esta gente en su trabajo se lo pasaron muy bien. ¿Qué han hecho? Han reproducido el experimento porque además y han descubierto otro problema. Dice: vale, ¿qué membrana elegimos? ¿y con qué bacterias, con qué microbios practicamos? Pues los he hecho spoiler varias veces y han elegido tres bacterias: han cogido Bacillus subtilis, Pseudohalteromonas aloplantis y una arquea, dos bacterias y una arquea, la arquea Aloferax volcani. ¿Y ¿Por qué las han elegido? Pues es muy curioso, porque esta gente se ve que son biólogos, entonces han hecho un estudio de bacterias y arqueas y han descubierto que Bacillus subtilis es un bacilo que se encuentra en todo el suelo repartido por toda la tierra. Tiene una capacidad que es muy buena y es que resiste temperaturas hasta 100 grados porque una capacidad que tienen algunas bacterias, no todas, es que se encapsulan, que es el encapsulamiento; el encapsulamiento de una bacteria es que su membrana la ponen en condiciones desfavorables, mucho frío, mucho calor, para evitar desecarse y morir. Su bacteria vuelve muy dura, muy dura, muy dura, se apelotonan, ¿vale? Entonces se forma como un exoesqueleto y así pueden estar mucho tiempo, haciendo las funciones vitales mínimas, mínimas, mínimas y así no morir. Y cuando ya las condiciones ambientales vuelven a ser buenas, se desencapsulan y ya pueden hacer su ciclo vital otra vez perfectamente. Eso hace la tuberculosis, por ejemplo, que es una bacteria muy común, sobre todo en Europa y África, en Norteamérica no…
Sara Robisco introduce la segunda bacteria del experimento, *P. aloplanktis*, explicando que fue seleccionada debido a su resistencia a bajas temperaturas, similar a las encontradas en Marte.
Habla: Sara RobiscoSignificado #12 · Palabras #4bacteria p aloplanktis aguas antárticastemperaturas bajas superficie arcianaresistencia temperaturas entre menos 2 y 29 gradosbacteria aeróbico tipo…si me he perdido algo; el herpes es un virus, ¿no? El herpes es un virus, ahí lo estoy mezclando, no sé qué forma. No, no, pero esa es de la varicela, es el mismo, que se te queda la bacteria, pero bueno, es que hay virus que se te pueden quedar ahí. Bueno. vamos con nuestra segunda bacteria, P. aloplanktis, ¿vale? Esta bacteria la han elegido porque está presente en aguas antárticas entonces es muy resistente a temperaturas bajas, entonces claro dicen en una superficie arciana pues tenemos temperaturas muy bajas, pues esta es la que en temperaturas más bajas resiste, vamos a probar con ella porque en Marte de haber algo sería parecido, venga, entonces es capaz de resistir temperaturas entre menos 2 grados y medio y 29 grados que no puede no parecer mucho pero para una bacteria es mucho y es de tipo aeróbico, la otra era anaeróbica y vamos a por nuestra Arkea H. Volcani, es una de las Arkeas más estudiadas globalmente, si no la más; o sea, es una cosa tremenda. Es su forma, esta plantea problemas porque cambia de forma; es muy divertida. Puede tener diferentes tipos de formas y tal. La Arquea es como más plástica que…
Sara Robisco explica la elección de L-serina como atrayente para las bacterias *Aloferax volcani*, destacando su presencia en muestras de Ryugu y su potencial existencia en Marte.
Habla: Sara RobiscoSignificado #10 · Palabras #10l-serina atrayente bacterias aloferaxeserina en muestras ryugucondrita carbonácea sistema solarposible presencia eserina marte…en sus fases primarias es muy móvil, ella se transporta y tal y luego llega un momento en su crecimiento que se queda quieta y ya no se mueve, entonces tiene sus cosas que le hacen interesante para este estudio. La verdad es que las tres son muy buenas. ¿Y qué usan para atraerlas? ¿Qué quimiofectores estamos usando? Pues se usa la L-serina. ¿Por qué han escogido la L-serina? Porque la L-serina, aparte de ser un quimiofector que atrae a muchísimos microorganismos de la Tierra, es uno de, es un, a ver como lo digo, se ha encontrado el eserina en Ryugu, en las muestras de Ryugu había el eserina entonces es muy interesante por esto, porque al estar en una condreta carbonácea muy prístina se cree que este aminoácido pudo estar presente incluso antes de que nuestro sistema solar se generase. Entonces es interesante que respondan a esto porque ya tienes algo que puede estar presente en Marte ya que las condritas carbonáceas impactaron contra la Tierra, impactaron contra Marte. Entonces, es posible que aquí tenemos el eserina, pero que allí en Marte o en otros cuerpos del Sistema Solar haya el eserina. Entonces, no han hecho, como diríamos nosotros, no han dado puntada sin hilo. Hay que recordar que cuando buscamos microorganismos en Marte, o sea, todavía no hemos llevado un buen laboratorio de análisis que nos dé una buena, una respuesta definitiva y hubo bastante polémica con las ondas Viking que creo que fueron las últimas en…
Sara Robisco introduce el experimento para detectar vida en Marte, señalando que puede generar confusión debido a las variables desconocidas sobre las bacterias marcianas.
Habla: Sara RobiscoSignificado #2 · Palabras #3bacterias marcianas medidas desconocidasmembrana semiperneable grosores distintossuelo marciano centrifugado muestras flotantesquimiofector comidita para bacterias…ahí sería que fuera el 0%, o sea, que realmente la vida en Marte hubiera sido tal que toda ella absolutamente se queda quieta para la foto O que esté extinta, que hubiese estado y que ya está Claro, que eso también, este experimento ayudaría un poco, ¿no? Pero vamos al experimento porque parece que da un poquito de margen de confusión, ¿no? Porque realmente ellos no fotografían imágenes en movimiento esta semimembrana semiperneable que ponen en medio tienen varias han probado con distintos tipos de grosores porque claro no conocemos es muy divertido no conocemos las bacterias que puede haber en Marte no conocemos sus medidas entonces claro ponen los dos medios a tierra el suelo lo sacuden mucho lo menean centrifugan y oponen las bacterias toman muestras de lo que flota y lo van depositando en una membrana de las cámaras y aquello que se pasa a través de la membrana al quimiofector se queda quieto. ¿Por qué? Porque ya tiene comidita. Y una cosa que no he dicho, la segunda bacteria que he descrito, Pealoplantis, se empezó poniendo en el estudio como control porque no se siente atraída por este quimiofector. al contrario, los estudios hasta ahora demostraban que le repelía, entonces dijeron…
Sara Robisco explica un fenómeno inesperado observado en uno de los microorganismos utilizados en experimentos para detectar vida en Marte, relacionado con su reacción a la L-serina.
Habla: Sara RobiscoSignificado #3 · Palabras #1pealoplantis detecta vida en martequimiofector reacción membrana pealoplantisalloplanctis cinco seis horasb subtilis muchas horasmicroorganismos individuales martefotografías hora tres horas bacteriasclasificador 5 o 500 machine learningentrenamiento sistema sencillito ordenador casamachine learning detección vida martequimiofector comparado con algasmedio cultivo estándar bacteriascultivo de agar como controlarquea coloniza con concentracionesbacterias aumentan población 300-400experimento sara robisco bacterias arqueareacción microorganismos l-serina marterepulsión concentración minimoles l-serinaatracción mayor concentración l-serinapaper resiliencia experimento vidaarquea atraída por ereselinah-volcani coloniza l-serinaexperimento vida en marte sara robiscobiólogos usan microsoft excelanálisis de datos en marcfalta de familiaridad con r…Pealoplantis, se empezó poniendo en el estudio como control porque no se siente atraída por este quimiofector. al contrario, los estudios hasta ahora demostraban que le repelía, entonces dijeron vamos a ponerla porque le arrepele, vamos a ver qué pasa Bueno, pues ¿qué pasa? Que cuando atraviesan la membrana y se van al quimiofector se quedan quietas. Dicen: esto es para mí, esto es para mí; pues ya me quedo quietecita, ya no me muevo más, y ese es el momento de hacer una única foto que puede ser una a la hora y otras tres horas porque se ha estudiado que estas bacterias a partir de cinco o seis horas en el caso de Alloplanctis y me parece que muchas más horas en B. subtilis empiezan ya a crear. Colonias y no les interesa esas colonias y les quieren ver el microorganismo que ha llegado. Entonces, según se posan a la hora, hay una primera foto a cabo de una hora y otra a las tres horas y detectas las bacterias, los elementos que hay y los cuentas. ¿Por qué? Porque están quietos, con una única foto ya tienes un detector que te dice hay o no hay o si quieres complicar un poquito pero tampoco necesitas potencia de cálculo cuenta esos puntitos y te devuelve tu clasificador 5 o 500 o lo que sea, entonces está muy bien porque el tiempo de computación y el tiempo de entrenamiento este sistema de Machine Learning es muy sencillito, necesitas muy poquitos recursos y muy poquito tiempo. En un ordenador normal de casa se podría incluso entrenar. Hasta aquí todo bien. Pero, ¿qué pasa? Hemos dicho que han encontrado. Pues mira, han probado con concentraciones de quimiofector y con un medio normal, el típico de la placa del alga. ¿Cómo se llama el alga que ponemos en las placas redondas? Bueno, el típico medio que ponemos en las placas de cultivo de bacterias. El cultivo de agar es el medio que han cogido como medio control y luego los medios con el eserina. Bueno, pues han hecho el experimento y efectivamente con las concentraciones que ellos ponen, tanto las dos bacterias como la arquea colonizan, vamos, colonizan, se posan y aumentan entre un 300-400% la población que hay. Claro, de no tener nada a tener un montón, o sea, es ese aumento de población. ¿Qué pasa? ¿Qué dice Sara? Pero una de ellas se sentía repelida, ¿qué ha pasado? Pues que los estudios demostraban que se sentía repelida con una concentración de menos minimoles de L-serina, pero se han dado cuenta de que a mayor concentración sí que se siente atraída. Y esto es interesante porque es la primera vez que se ha demostrado y es una cosa pues que ha salido por resiliencia en el propio paper. Otra cosa que nadie sabía es que la Arkea no se había visto que se sentía atraída por la Ereselina ni se había medido y se ha visto que sí, y la atracción es bastante tremenda. H-Volcani coloniza muy bien, invade muy bien la L-Serina. El experimento es muy completo y la verdad es que es muy prometedor porque estas cosas están curiosas; cosas que he visto porque tiene problemas. ¿Qué problemas tiene? Pues a la hora de hacer los análisis de datos, aquí son, porque son bastante sinceros, ellos son biólogos. Entonces, ¿qué han hecho? El análisis de datos, los recuentos que han hecho y tal, lo han hecho con Microsoft Excel. Y dices, tío, que tenéis R, pues no se les daba, no se les daba. Con esto de usar el Excel para programar, espera, sí, sí, pero tanto los pi valores para ver un poco las correlaciones y tal. Los hicieron con un script de Python, vale, pero como no sabían programar, han implementado todos los scripts y lo pone aquí usando…
Sara Robisco comenta sobre la necesidad de equipos multidisciplinares en experimentos para detectar vida en Marte y cómo se ha sugerido incluir diversidad, aunque esta idea ha sido rechazada temporalmente.
Habla: Sara RobiscoSignificado #8equipos multidisciplinares experimento vida martediversidad rechazada temporalmente transorden en equipos científicos…estando en varias universidades, no te puedes pasar a la facultad de informática a decir: ¿quién se anima a participar con nosotros? Que seguro que te salen, pero mogollón de gente, venga, que te lo gollo. No, no, no, luego los tienes que poner de coautores. Pero Jolín, que así le das un poquito de diversidad al asunto y que haya equipos multidisciplinares, que así se hace la ciencia. Pero no sé si podemos usar la palabra diversidad. Ah, no, ha dicho Trans que no, pues no. No, no, todavía estamos bien, aquí no nos ha llegado nada, todavía no tenemos orden. Pues eso tendría, es un poquito más de un equipo multidisciplinar y más buen rollo, ¿no? Pero la verdad es que me ha hecho mucha gracia cuando lo han puesto, porque digo, no por Dios, no hagáis esto. Seguro que hay algún friki por ahí que ha hecho el Doom en Excel. Ha programado el Doom en Excel. Yo creo que no hubo uno que hizo no sé qué videojuego en Excel. No lo sé, es posible. Doom yo lo he visto, no en directo, correr en un test de embarazo. En un…