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Luisa AchaerandioFrancis VillatoroHéctor SocasBorja TosarGastón Giribetproteína específica degradación plásticosestructura proteica ligando binding pocketcompuestos de azufre hacia la célulaaminoácidos formación con azufreLuisa AchaerandioEscherichia coliProtein Energy Landscape ExplorationCO2PlantasAlfaFol
Estructura proteica ligando binding pocket
Con
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Luisa Achaerandio explica cómo una proteína específica, por su ubicación y estructura tridimensional, es útil para su investigación sobre la degradación de plásticos.
…química, como me gusta a mí decirlo mucho: no tienen ojos, no tienen boca, es la comunicación que nosotros entendemos, pero sí que es una comunicación química que tiene un nombre muy bonito que se llama Quorum Sensi, muy chulo; es muy bonito ese concepto. Pues resulta que una de esas proteínas nos sirve para nuestro cometido, por el lugar en el que está, por la estructura que tiene y además porque en la parte central de esta estructura proteica a nivel tridimensional tiene lo que se llama un ligando, por así decirlo, que se llama un sitio de unión es un binding pocket que creo que se llama también, se puede decir perfectamente. Entonces justamente por ser así, esta proteína y la siguiente que sirve para transportar determinados alimentos, en concreto determinados compuestos de azufre hacia la célula, ¿para qué queremos el azufre? El azufre lo necesitamos para formar aminoácidos. También las bacterias necesitan aminoácidos, precisamente por el lugar en el que están, por la forma en la que tienen y por el tipo de sitio de unión que tienen. Gracias a la bioinformática, partiendo de esa idea de que tiene que tener algo parecido, se…
Significado #1 · Palabras #1
Luisa Achaerandio explica cómo una proteína específica, por su ubicación y estructura tridimensional, es útil para su investigación sobre la degradación de plásticos.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1proteína específica degradación plásticosestructura proteica ligando binding pocketcompuestos de azufre hacia la célulaaminoácidos formación con azufre…química, como me gusta a mí decirlo mucho: no tienen ojos, no tienen boca, es la comunicación que nosotros entendemos, pero sí que es una comunicación química que tiene un nombre muy bonito que se llama Quorum Sensi, muy chulo; es muy bonito ese concepto. Pues resulta que una de esas proteínas nos sirve para nuestro cometido, por el lugar en el que está, por la estructura que tiene y además porque en la parte central de esta estructura proteica a nivel tridimensional tiene lo que se llama un ligando, por así decirlo, que se llama un sitio de unión es un binding pocket que creo que se llama también, se puede decir perfectamente. Entonces justamente por ser así, esta proteína y la siguiente que sirve para transportar determinados alimentos, en concreto determinados compuestos de azufre hacia la célula, ¿para qué queremos el azufre? El azufre lo necesitamos para formar aminoácidos. También las bacterias necesitan aminoácidos, precisamente por el lugar en el que están, por la forma en la que tienen y por el tipo de sitio de unión que tienen. Gracias a la bioinformática, partiendo de esa idea de que tiene que tener algo parecido, se…
Luisa Achaerandio explica cómo se puede predecir la estructura de una proteína utilizando inteligencia artificial y programas informáticos como AlfaFol.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #4 · Palabras #6estructura proteica alfa folinteligencia artificial estructura proteicaparámetros estructura final inteligencia artificialmodelar estructura predecir proteína…la que tienen y por el tipo de sitio de unión que tienen. Gracias a la bioinformática, partiendo de esa idea de que tiene que tener algo parecido, se encuentra, se resuelve la estructura y es muy importante diferenciar una cosa en bioinformática, que no es. Lo mismo modelar una estructura que predecir. Predecir una estructura proteica es a raíz de unas determinadas parámetros que tú quieras, digamos, que cumpla esa estructura final utilizando una inteligencia artificial o inteligencia artificial con un programa informático; en concreto se puede utilizar AlfaFol. Tú puedes predecir una estructura, eso es predecir, pero en el momento en el que haces esto que han hecho estos autores, todos estos autores, que es añadirle en un lugar concreto una cosa muy concreta que te voy a contar, ¿vale? Que se llama triada catalítica. Esto significa ya modelar, es decir, ya estamos pasándonos el juego un poquito; estamos utilizando todas las posibilidades de nuestro entorno que todavía no te las he contado todas porque todavía te faltan datos para entender…
Luisa Achaerandio plantea una duda sobre cómo introducir una triada catalítica en un binding pocket, reconociendo que podría ser una pregunta que otros también se hagan.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #2 · Palabras #2triada catalítica binding pocketduda luisa achaerandiobinding pocket pregunta…como que se acuden a la fiesta, por así decirlo. ¿Qué es lo que pasa? Que esas bacterias tienen en comparación, como que se aprovechan un poco de la degradación que hace esta bacteria modificada y entonces pues está también simpático esta parte del artículo. ¿Cómo? Porque ya simplemente me quedaría que se supiera, porque tú te lo estarás preguntando. ¿Pero cómo meto yo esa triada catalítica en ese binding pocket? A lo mejor se lo pregunta alguien, ¿vale? No sé si se lo pregunta alguien, pero es una cosa que todavía quedaría por saber. Yo me lo estoy preguntando: ¿Cómo es la pregunta? ¿Cómo se modifica el gen? Exactamente, ¿cómo llega allí? Exactamente, pues básicamente volvemos a necesitar nuestro plásmido. Nuestro plásmido de ADN circular, que ya os lo he comentado, y este plásmido no va solo, que no me falte nada, que os cuento qué es…
Luisa Achaerandio comenta sobre la posibilidad de utilizar la supercomputación y el análisis del 'Protein Energy Landscape Exploration' (PL) para optimizar la captura de CO2 por bacterias o plantas.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #13 · Palabras #3captura de co2 bacterias plantasbinding pocket molécula de co2distancia geométrica energía activaciónestabilidad estructural festividad…que puedan secuestrar CO2 de manera ultraeficiente. ¿Qué opinas, Luisa? Pues ya te digo, si se supiera, si se utilizara precisamente esta tecnología que ha desarrollado pues esta investigadora y demás, y a lo mejor utilizando la supercomputación que antes no lo he mencionado, pero tiene un nombre que es lo de PL, Protein Energy Landscape Exploration, ¿vale? y se sabe la afinidad energética que puedas utilizar para que haya realmente algún binding pocket, como hemos dicho antes, que captara más eficientemente esa molécula de CO2, pues a lo mejor sí que se podría dotar, si se identificara todo eso, con su distancia geométrica, con su energía de activación, o que tenga estabilidad estructural, pues a lo mejor sí que se podría utilizar también para esa festividad, aunque en realidad eso ya lo hacen las plantas por naturaleza, porque ya han aprendido eso, ese truquillo ya, no sé si se puede mejorar, pero ese truquillo ya creo que está superado. Las bacterias que hacen la fotosíntesis son las cianobacterias, están en todos los océanos y están constantemente absorbiendo CO2, los océanos son grandes absorvedores de CO2 Y hay que tener cuidado, como decía, con esto de utilizar organismos vivos para…