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Biología Molecular con AlphaFold
Con
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Héctor Socas introduce una demostración de una herramienta de traducción automática de voz con IA y anuncia que Juan Carlos Gil ha preparado preguntas para un invitado. A continuación, Héctor Socas plantea una pregunta sobre el papel más emocionante en los avances científicos realizados por su equipo desde AlphaGo.
…todo en inglés, pues la forma en la que te lo traduce suena un poco a voces de angloparlantes intentando hablar en español y entonces bueno es muy simpático; es muy simpático porque por ejemplo les pongo aquí unas muestras: María, nuestra Neferchitty. Van a escuchar cómo sería la voz que le asigna la inteligencia artificial de esta herramienta para hacer el doblaje. Escúchenlo porque es buenísimo. Y Juan Carlos Gil, quienes han preparado algunas preguntas para ti, pero antes de cederles la palabra, me gustaría hacer una pregunta propia. AlphaGo tiene 10 años. Desde entonces, tu equipo ha estado involucrado en grandes avances científicos como AlphaFold y otros sistemas de IA diseñados para apoyar el descubrimiento científico. Entonces, desde tu punto de vista, ¿cuál crees que es el papel más emocionante? Es brillante, o sea, la verdad que es impresionante las Cosas que hacen, pero a la vez es muy gracioso. Ahí la IA solo ha recibido la voz de María en inglés, obviamente se ve su timbre, se la reconoce, pero el acento en español no sabe de dónde sacarlo y tira para adelante, como suelen hacer. Sí, sí, sí. Tú, de todas formas, tampoco te pones muy estirado, que también tengo aquí la tuya. Hace 30 años yo realizaba simulaciones por computadora, UES personalmente y el plegamiento de proteínas me parecía completamente intratable. Yo os comenté que casi más que mi voz me hace gracia lo de la simulación por computadora, cosa que yo nunca diría; yo diría siempre por ordenador me hizo gracia. Y tenemos también a Alberto, que yo creo que es al que mejor le pilla el tono de la voz.…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas anuncia que, además del regreso a la luna, se abordarán diversos temas científicos como papers de broma, la brecha de masa de agujeros negros y el descubrimiento de obras de Empédocles.
Habla: Héctor SocasSignificado #17papers de broma del 1 abrilbrecha masa agujeros negrosdescubrimiento obras empédocles físicareptil momificado hallazgo recienteseti búsqueda inteligencia extraterrestre…la condición humana, pero no hay que resignarse. Podemos y debemos mejorar con cada generación, aspirar a ser más lo primero que lo segundo. Bienvenidos, bienvenidas a Coffee Break, Señal y Ruido, la tertulia de cada semana sobre la actualidad de la ciencia. Además del regreso a la luna, hoy hablaremos de otros temas; por ejemplo, de los papers de broma del 1 de abril, o de la brecha de masa de los agujeros negros, del descubrimiento de nuevas obras de Empédocles sobre física, de un reptil momificado, de SETI, de antimateria. En fin, muchos temas tenemos hoy en la agenda; contenido no va a faltar, ya verán. Empezamos con todo eso en un minuto, pero antes les quiero recordar que tenemos una página web que es señalirruido .com, todo junto y con la ñ señalirruido.com; y que ahí pueden encontrar toda la información sobre este programa, todos los episodios…
Héctor Socas introduce una demostración de una herramienta de traducción automática de voz con IA y anuncia que Juan Carlos Gil ha preparado preguntas para un invitado. A continuación, Héctor Socas plantea una pregunta sobre el papel más emocionante en los avances científicos realizados por su equipo desde AlphaGo.
Habla: Isabel CorderoSignificado #1 · Palabras #1traducción automática de voz con iaalphafold y descubrimiento científicojuan carlos gil preguntas al invitadoequipo de héctor socas avances científicosvoz de maría en ingléssimulaciones por computadora plegamiento proteínasues y plegamiento de proteínas…todo en inglés, pues la forma en la que te lo traduce suena un poco a voces de angloparlantes intentando hablar en español y entonces bueno es muy simpático; es muy simpático porque por ejemplo les pongo aquí unas muestras: María, nuestra Neferchitty. Van a escuchar cómo sería la voz que le asigna la inteligencia artificial de esta herramienta para hacer el doblaje. Escúchenlo porque es buenísimo. Y Juan Carlos Gil, quienes han preparado algunas preguntas para ti, pero antes de cederles la palabra, me gustaría hacer una pregunta propia. AlphaGo tiene 10 años. Desde entonces, tu equipo ha estado involucrado en grandes avances científicos como AlphaFold y otros sistemas de IA diseñados para apoyar el descubrimiento científico. Entonces, desde tu punto de vista, ¿cuál crees que es el papel más emocionante? Es brillante, o sea, la verdad que es impresionante las Cosas que hacen, pero a la vez es muy gracioso. Ahí la IA solo ha recibido la voz de María en inglés, obviamente se ve su timbre, se la reconoce, pero el acento en español no sabe de dónde sacarlo y tira para adelante, como suelen hacer. Sí, sí, sí. Tú, de todas formas, tampoco te pones muy estirado, que también tengo aquí la tuya. Hace 30 años yo realizaba simulaciones por computadora, UES personalmente y el plegamiento de proteínas me parecía completamente intratable. Yo os comenté que casi más que mi voz me hace gracia lo de la simulación por computadora, cosa que yo nunca diría; yo diría siempre por ordenador me hizo gracia. Y tenemos también a Alberto, que yo creo que es al que mejor le pilla el tono de la voz.…
Se discute el desafío computacional que representa Go, su evolución a lo largo del tiempo y cómo AlphaGo ha superado las barreras anteriores.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #3desafío computacional go pre alphafoldalphafold rompe barrera desafío computacionalproblemas de go antes alphafold…mi voz me hace gracia lo de la simulación por computadora, cosa que yo nunca diría; yo diría siempre por ordenador me hizo gracia. Y tenemos también a Alberto, que yo creo que es al que mejor le pilla el tono de la voz. Cualquiera de ustedes puede responder. En el podcast principal ya hemos explicado cómo funciona Go más o menos, los principales U problemas. Entonces, ¿por qué Go es un desafío computacional y por qué lo era antes de AlphaGo y cómo este nuevo enfoque rompe esa barrera? Noten los U, ¿no? Me encanta que hable así Alberto, dando esas pausas. Es genial. En parte es porque va ajustando la voz traducida a la voz real en inglés y como la longitud de las palabras no son las mismas, a veces acelera y a veces se va y que me adelanto y se pausa un poquito. Eso es, lo divide en bloques que son de entre 15…
Luisa Achaerandio explica cómo se analizarán células de médula ósea extraídas de un objeto llamado Avatar tras el regreso de los astronautas a la Tierra.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #9experimentos científicos en el espaciocélulas de médula ósea avatarobjeto metacrilato misión espacialcélulas médula ósea avatarcondiciones radiación microrravedadmuestra control tierra vuelocomparación células astronauta…seguir dando vueltas, o sea, vas andando pero como si fuera vacilar máximo, que vas así o te lavas la cara y por lo menos a mí me pasó esta sensación, como que se te movía el lavabo, ¿no? Dices: ¡Jolín!, no estoy estable, ¿no? Y estamos en tierra, ¿no? Pues imaginaros en el espacio y sobre experimentos científicos en sí. Es verdad que esta misión no es sobre todo, no va por ahí, pero sí que llevan como si fuera un llaverito de metacrilato, un llaverito chiquitito transparente que se llama Avatar, o le han puesto ese nombre, una plaquita pequeñita, más o menos del tamaño de un dedo pulgar, donde han introducido células de médula ósea de cada. Astronauta, para luego cuando regresen a la Tierra poder analizarla y ver cómo ha afectado las condiciones de radiación, de microrravedad a esas células al volver, porque han dejado previamente en tierra hay un análogo, una muestra de control que han dejado en tierra antes del vuelo. Importante, la vuelta, las comparan así que es muy interesante y van a hacer una. Prueba De Simulacro De Iyección De Masa Coronaria O De No Sé Qué Una Prueba Van A Hacer Y Ellos Se Van A Proteger Y Van A Dejar Avatar Sin Protección también para medir la diferencia. Y está genial, a mí me parece, vale, es poquito en proporción, pero bueno,…
Ignacio Crespo explica cómo la formación de moléculas como la hemoglobina permitió a los invertebrados crecer más, pero los vertebrados necesitaron una solución aún mayor para intercambiar oxígeno.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #8 · Palabras #2aparato respiratorio anatomía comparadaartemisa misión importante semanaintercambio oxígeno entorno vidaobtención de oxígeno y adaptación evolutivacambios necesarios para la vida complejahemoglobina invertebrados crecimientovertebrados intercambio oxígeno mayorpeces ancestros no amniotasrespiración bombeo bucal peces…claramente, las potencias de 2 está bien, bien visto. Yo pensaba que iba a decir de género o algo así, no me cuadra, hay algo aquí que yo no sepa. Vale, venga, ¿qué me dices, Ignacio? ¿Vamos con este tema? O prefieres posponerlo y dedicarle más tiempo? No, no puedo intentarlo, a ver, es que además creo que es uno de los temas gordos, quitando el Artemis, ¿vale? pero uno de los temas gordos de la semana y es un tema que va a dar de qué hablar porque cuando pensamos en el aparato respiratorio pensamos en el nuestro, en los pulmones; intuitivamente más o menos sabemos cómo funciona, pero a mí me parece de los sistemas más interesantes para estudiar a través de la anatomía comparada, quitando el cerebro que hoy no hablamos de eso. La cantidad de soluciones que ha desarrollado la vida para intercambiar oxígeno con el entorno es descomunal y la nuestra tiene una serie de cosas específicas muy interesantes que justo en este estudio consiguen estudiarlo de forma muy interesante. Para que nos ubiquemos un poco, ha habido una serie de cambios necesarios para que la vida pudiera volverse más compleja, porque necesitamos el oxígeno y no era tan fácil como simplemente intercambiarlo con el entorno sin ningún tipo de adaptación. De hecho eso fue una limitación y cuando empezaron a formarse moléculas como la hemoglobina pues permitieron que los invertebrados se hicieran un poco más grandes por ejemplo. Pero hizo falta más y en un momento dado, ya estamos hablando en este caso de vertebrados para situarnos, que eso incluye desde los peces hasta nosotros, todo ese conjunto de animales ya necesitaba intercambiar el oxígeno mucho más Los peces, y por lo tanto nuestros ancestros no amniotas, que son los peces, anfibios, todos aquellos antepasados que estaban en estos grupos, y solo en estos grupos, decidieron solucionarlo con un tipo de respiración que nosotros ya no tenemos, es una respiración de bombeo bucal, podríamos decir, que es la que vemos cuando observamos a un pez en una pecera, abre la boca y intercambia de esa forma, hace que haya un flujo y permite pues captar oxígeno en unas cantidades que Pues están bien, son relevantes. Lo que pasa es que hubo más cambios después de esto. Antes incluso de salir a la Tierra, una serie de peces empezaron a desarrollar estructuras similares a los pulmones. Es importante decir esto de que fue antes de salir a la Tierra. En aguas poco oxigenadas…
Ignacio Crespo destaca la importancia del descubrimiento de un ejemplo bien conservado de un sistema respiratorio antiguo, crucial para el acceso a la Tierra.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #5sistema respiratorio antiguo acceso tierraejemplo completo respiración bien conservadoignacio crespo sistema respiratorioespecímenes fósiles sistemas respiratorioscartílagos e piel conservación excepcionalsinápsidos reptiles aves ancestro común…ponemos de canto como un cilindro tumbado y lo apretamos se va a deformar en una dirección, se van a quedar pegaditos todos los muelles pero muy cerca del suelo. Pues ese movimiento de apretar y soltar es un poco lo que hace su caja torácica en ese sentido. Y aquí tenemos, y esta es la clave, el primer ejemplo completo, muy muy bien conservado, de ese tipo de respiración. Un tipo de respiración que fue muy importante porque permitió ese acceso a la Tierra, además se considera que fue previo. Esto es una cosa curiosa, o sea. Luego entramos un poco en la exactación, pero quiero centrarme en los especímenes, porque esto es una cosa que subrayan; es un estudio que está muy guay, la verdad, muy bien hecho. Lo que indican es que trabajan sobre todo con dos y luego con uno que es para comparaciones y uno de esos dos principales donde tienen estructuras conservadas de cartílagos e incluso de piel es de conservación excepcional; hablamos de 289 millones de años de antigüedad, que es mucho; pensemos que realmente el último ancestro común de los reptiles, las aves y los mamíferos se remonta a hace 320 millones de años. Así que, ojo, teniendo en cuenta que los sinápsidos y el resto, los reptiles y aves, los antepasados, quiero decir, se dividieron hace 310, esto es relativamente poco después. Es un reptil bastante basal en muchas características, y ya tenía presentes todas estas adaptaciones que son tan chulas. Y en este fósil en concreto, si se ha conservado también es porque ha quedado cubierto al morir por hidrocarburos, que en parte actuaron…
Ignacio Crespo explica cómo los reptiles han desarrollado estructuras similares a un diafragma para mejorar el intercambio de oxígeno y facilitar una mayor actividad metabólica.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #4sistema respiratorio de los amniotasestudio biomecánico futuroadaptaciones sistema respiratoriodiafragma hepático en cocodrilosmetabolismo más alto en reptilesintercambio de oxígeno en reptilesanatomía animal y resultados médicos…de las partes del cambio. Las costillas conectaban, se cerraban en torno al esternón, formaban una caja torácica cerrada que entonces permitía que hubiera esa expansión y esa dilatación, y aparte de esto, pues las inserciones musculares que indicaban que tal. Cosa era posible. Juntando todo, aunque no han hecho un estudio biomecánico con una simulación así fina, que eso ya se hará en el futuro, indican que por aquel entonces ese sistema respiratorio que conocemos ahora en los amniotas funcionaba perfectamente y aunque quedaban adaptaciones que se pueden hacer, por ejemplo, he dicho que los. Reptiles no tienen en general diafragma o al menos un diafragma verdadero, pero algunas de estas ramificaciones para poder intercambiar mejor el oxígeno y por lo tanto tener un metabolismo más alto, salto y poder hacer carrera o mover una mayor cantidad de masa muscular, han desarrollado algo similar. Los cocodrilos tienen un diafragma hepático, se llama. De todos modos, todos estos términos son la verdad que un jaleo luego para buscarlos porque como médico acabo odiando la medicina. Cualquier cosa que busque de animales, de anatomía en animales, me devuelve solamente resultados de humanos que no tienen necesariamente. que ver. pero bueno fue eso un primer cambio y pasa otra cosa interesante las soluciones en la evolución no son tan sencillas es decir necesito intercambiar más oxígeno voy a salir a tierra y por lo tanto tengo que adaptar así mi caja torácica para dejar de…
Ignacio Crespo explica cómo el desacoplamiento de la respiración y la deambulación, presente en mamíferos gracias al diafragma, es una solución evolutiva que se mantiene desde los reptiles.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #13desacoplamiento respiración deambulación mamíferosdiafragma solución evolutiva reptileseficiencia vidas activas mamíferos…fusionadas con la escápula, se solapan y se deslizan. Utilizan, permitiendo una zancada más larga y además desacoplar la deambulación de la respiración, que esto es lo que estaba comentando, para que no influya tanto la carrera y pierdan de esa forma oxígeno. Esto es una solución que se mantiene, que está presente todavía y que en el caso de los mamíferos, que ya digo que la solución de los reptiles vino de forma separada, en el caso de los mamíferos, ese desacoplamiento ha ocurrido con el diafragma. entonces es muy bonito porque podemos ver realmente reconstruir cómo todos estos cambios han ido sucediendo y permitiendo cada vez ser más eficientes y por lo tanto tener vidas más activas y podríamos entrar en más detalle pero como me has dicho rápido no sé si así más o menos he entendido Sí, yo creo que has hecho un resumen perfecto. Bueno, no te decía rápido, te preguntaba si daría con Lo que tenemos o querías explayarte más y dejarlo para otro episodio. Pero bueno, creo que estaba justificado por la actualidad el sacarlo ahora. Una mini pregunta: ¿dónde se han encontrado estos restos? O sea, localización, por curiosidad. Oklahoma,…
Ignacio Crespo explica cómo las adaptaciones necesarias para la vida terrestre implican cambios estructurales significativos, incluyendo modificaciones en las costillas y el esternón.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #20costillas y esternón adaptaciones terrestresmúsculos respiratorios modificaciones estructuralesignacio crespo cambios costillas suplementarias…de ir a la Tierra. Pues aquí pasa justo lo contrario: esos pulmones adaptados les permiten sin esperarlo ir a la Tierra e ir a la Tierra, por las adaptaciones que tienen que desarrollar, les va a permitir sin esperarlo cambiar la estructura de sus cráneos. Y esto es sobre lo que quiero volver. Todas estas adaptaciones por las cuales las costillas se cierran y bloquean en torno al esternón, se forman estas costillas suplementarias en el cuello, se cambia toda esta estructura, se forman los músculos que le permiten respirar de esta forma; esto no ocurrió directamente para aprovechar. Mejor el oxígeno, sino que ocurrió porque era necesario para la deambulación en tierra firme. Lo que se sospecha es que esos primeros anfibios que salen ya empiezan a desarrollar algunos cambios en su estructura corporal para caminar mejor, que son los que…
Ignacio Crespo explica cómo los cambios en el cráneo de diversos animales están relacionados con su historia evolutiva terrestre y sus necesidades de respiración.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #6cráneos de manatíes y focasancestros terrestres de animales acuáticospingüinos con cráneos distintosbombeo en peces y anfibioscráneo animales historia evolutiva terrestrenecesidades deambulación cambio respiración cráneopaper ignacio crespo evolución animalrespiración e influencia en cráneos animalescambio radical peces anfibios reptilesdependencia medio acuático amniotasamnios para huevos no acuososestructuras amniotas reproducción fuera aguaancestro común de todos los amniotasanfibios primeras adaptaciones terrestrebombeo bucal en anfibios…Y ya evidentemente, si te alejas más a aves que tienen picos, esto significa que además pueden especializarse mucho mejor, ser más eficientes en entornos diversos. Y pensar que todo eso vino por salir fuera de la Tierra te invita a pensar cosas interesantes. Por ejemplo, hay una cosa muy curiosa y es cuando tú ahora ves todos los animales que son estrictamente acuáticos, tú realmente puedes intuir cuál ha tenido antepasados que ha pasado por la Tierra en algún momento. Si tú ves todos los que son acuáticos y sus antepasados han sido acuáticos, peces, algunos anfibios muy estrictos, tienen este tipo de cráneos relativamente parecidos por lo del bombeo, pero si empiezas a incluir manatíes, focas, por supuesto aves que vuelven como los pingüinos, ojo que cráneos tan distintos, ¿no? Y eso es porque en algún momento sus antepasados durante mucho tiempo pasaron por la Tierra; pasar por la Tierra les permitió, por las necesidades de deambulación, cambiar la forma de respirar y cambiar la forma de respirar les permitió cambiar el cráneo. Son relaciones que no te esperas y que gracias a este paper y a muchos otros, por supuesto, esto no es novedad exclusiva de esta última investigación, pero que te hace pensar en ello y yo creo que es bonito ver la evolución así. O sea que la evolución de la respiración ha moldeado los cráneos en, o sea, todos los animales de la rama que parte de los reptiles o solamente los que han ido por esa línea de los amniotas, podríamos decir. Hay un cambio radical entre peces y anfibios y reptiles, aves y mamíferos, y es la dependencia del medio acuático, que parece muy evidente, ¿no? Pero hay una serie de cambios, el amnios, que son necesarios para explicar cómo consiguen poner huevos, sobre todo en esos casos, ¿no? De aves y reptiles, en medios no acuosos sin que se deshidraten. Cambian determinadas estructuras muy importantes. Entonces es con ese salto con el que empezamos a ver también otra serie de cambios entre los cuales está este. Se supone que el ancestro común de todos los amniotas posiblemente ya tenía esta adaptación, con lo que se supone que serían anfibios los que saldrían a la Tierra y harían las primeras adaptaciones para caminar mejor y por lo tanto para sustituir el bombeo bucal. Bueno, bueno, es que al decir Oklahoma me acordé de, no era la película de Amanece que no es poco, que viene Antonio Resines, que venía de la Universidad de Oklahoma, en el pueblo. Esa película es la cosa más rara que se ha hecho en el cine español, que ya es…
José Edelstein, tras una pregunta de Tomás Vila sobre el costo del programa Artemisa y cómo se obtuvo la cifra de 90.000 millones, introduce un nuevo tema: la posibilidad de que existan científicos con actitudes de superioridad.
Habla: José EdelsteinSignificado #2artemisa programa costo 90000 millonesactitudes de superioridad científicostomas vila pregunta sobre artemisas…Tomas Vila de nuevo ¿Cuánto cuesta el programa Artemisa? 90.000 millones ¿Y cómo lo saben? ¿Los han contado? ¿Científicos soberbios? Pregunta Shabiko ¿Y el movimiento de traslación de la Tierra? Yo creo que esto se refiere cuando yo estaba comentando lo de la trayectoria, la astrodinámica y como esta trayectoria al final es como tirar algo para arriba y que vuelva a caer. Bueno, es que eso…
