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Sara RobiscoJuan Carlos GilHéctor SocasGastón Giribetbacterias sara y quimiotaxisgradiente de presión partículas difundenlaberinto bacterias gradiente temperaturaSara RobiscoJuan Carlos GilSaraHéctor SocasFrontiers in Astronomy and Space SciencesBactaibbacteria KonaMarteBacillus subtilisPseudohalteromonas aloplantisAloferax volcaniP. aloplanktis
Bacterias Sara y quimiotaxis
Con
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Juan Carlos Gil continúa hablando sobre los métodos para resolver laberintos, mencionando una clasificación en tres tipos diferentes y ejemplificando con el comportamiento de las bacterias.
…Que soy un poquito friki de los laberintos y que atesoro artículos, referencias, menciones, charlas, cosas sobre laberintos, formas de resolverlo, tanto algorítmicas como analógicas porque hay formas raritas, analógicas, tipo, de resolver estos laberintos. Se pueden clasificar en tres formas. Primero, las que siguen algún tipo de gradiente; por ejemplo, partículas que se difunden siguiendo un gradiente de presión o de temperatura. O nuestras amigas, las bacterias, Sara, que gracias a su quimiotaxis pueden navegar un laberinto; era parecido a lo que explicaba, parecido. Siguiendo gradientes de nutrientes o huyendo, también lo comentabas del estudio anterior: huyendo de una sustancia tóxica o lo que sea. Otra forma analógica es mediante algún tipo de propagación de ondas que recorren el laberinto y van chocando con los…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas reflexiona sobre un modelo de publicación científica abierto y público, introduciendo el tema de un artículo sobre quimiotaxis que Sara explicará.
Habla: Héctor SocasSignificado #2 · Palabras #2modelo publicación científica abiertoartículo quimiotaxis sara explicamicrobios se mueven como taxis…abierto, o sea, con nombre y apellidos y se publicaba todo; nos habían, creo que éramos, no recuerdo si dos o tres referís y todo era, o sea, la identidad del referí, todos los comentarios, la respuesta con los autores, toda la correspondencia era pública. Lo cual es un concepto interesante, tiene sus defensores y sus detractores como todo; hay argumentos que me parecen razonables para defender una cosa y la otra, no me voy a mojar en ese sentido pero bueno, es interesante. Y en esta revista ha salido este artículo que nos va a contar Sara sobre una cosa que se llama la quimiotaxis, que es la capacidad de los microbios de moverse. Claro, tienen que ir en taxi porque son muy vagos. Muy vagos, exacto. Me autosaco la tarjeta ya. Exacto. Bueno, realmente estos alemanes es un estudio de varias universidades: Universidad de Berlín, la Universidad de Lisboa también en Portugal también participa, Universidad de Leibniz, he visto por aquí. Hay…
Sara Robisco continúa explicando cómo observar microorganismos en muestras de agua, describiendo la apariencia de las partículas y los microbios que se ven a través de una placa.
Habla: Sara RobiscoSignificado #6microorganismos en muestras de aguapartículas en suspensión placamovimiento rápido microbios agua…tenéis un microscopio en casa y si no estáis tardando. Cuando coges una gota de agua de dudosa procedencia, cualquiera para investigar, ¿qué podemos hacer una cosa, un juego con los oyentes? Podéis contarnos en redes sociales de dónde habéis cogido muestras. ¿Y qué habéis visto? Bueno, pues cuando cogemos esas gotas de agua, las ponemos en la placa y observamos los microbios, pues tenemos varias cosas: partículas en suspensión y los microbios, ¿no? ¿Y qué pasa con los microbios? Que todos vemos que cruzan como súper rápido, y luego otro por ahí, van como locos, ¿no? Entonces claro se les ocurrió porque esto tiene un problema. Esa velocidad y es que si tú tomas una muestra en el espacio para estar detectando estos seres vivos a esa velocidad que se mueven, necesitarías una capturadora de imagen muy, muy rápida que sea capaz de pillarlos en ese momento. Un detector de imágenes por…
Sara Robisco explica un invento para capturar microorganismos, consistente en dos cámaras separadas por micromembranas que atraen a los microbios mediante un 'quimiofector'.
Habla: Sara RobiscoSignificado #3micromembranas atraen microorganismosquimiofector atrae bacterias robiscomovimiento hacia el quimiofactorbacterias con movilidad atraviesan membranamachine learning sencillo para bacteriasdetector de gotas clasifica microbiosclasificador binario reconoce formaspc chiquitito analiza microbiosmembranas para capturar microorganismosbacillus subtilis experimento reproducidopseudohalteromonas aloplantis selección membranasarquea aloferax volcani desafío experimentaciónbacillus subtilis en el sueloencapsulamiento de bacteria para sobrevivirtemperaturas hasta 100 grados bacillus subtilisexoesqueleto bacterial para funciones vitales…Un detector de imágenes por Machine Learning muy potente que consumiría muchos recursos, entonces tendrías que tener un equipo muy pesado, muy potente y eso no es viable, entonces dice esta gente: vale, tenemos que crear algo para pillarlos, dice: oye, ¿Y si los pillamos quietecitos una vez que los atrapamos? ¿Cómo los atrapas? Pues esta es la cuestión: se les ha ocurrido un invento que consiste en dos cámaras separadas por unas micromembranas de tal forma de que tú pones tu trozo de sedimento en una parte de la cámara, en un lado de la membrana y en otro pones un elemento que lo vamos a llamar el quimiofector, que lo que provoca es que haya un movimiento hacia él. Las bacterias se sienten atraídos, los microbios se sienten atraídos hacia él de una forma salvaje. Entonces es fácil, ¿por qué? Porque solo aquellos seres que están vivos y tienen movilidad pueden atravesar la membrana y acabar en el quimiofactor. Es una aproximación barata y sobre todo es una idea. muy buena. Entonces, ¿qué necesitas para detectar esas bacterias? Un sistema de machine learning muy sencillo, un detector de gota, un detector de hay, no hay, además binario, un clasificador; entonces te reconoce los microbios, tenga la forma que tengan, siempre y cuando descubre estas formas, viene entrenado y no necesita una potencia de cálculo enorme, simplemente con un PC chiquitito te va el día. Entonces esa aproximación es muy buena, pero claro, como decimos, de dicho al hecho hay un trecho; entonces esta gente en su trabajo se lo pasaron muy bien. ¿Qué han hecho? Han reproducido el experimento porque además y han descubierto otro problema. Dice: vale, ¿qué membrana elegimos? ¿y con qué bacterias, con qué microbios practicamos? Pues los he hecho spoiler varias veces y han elegido tres bacterias: han cogido Bacillus subtilis, Pseudohalteromonas aloplantis y una arquea, dos bacterias y una arquea, la arquea Aloferax volcani. ¿Y ¿Por qué las han elegido? Pues es muy curioso, porque esta gente se ve que son biólogos, entonces han hecho un estudio de bacterias y arqueas y han descubierto que Bacillus subtilis es un bacilo que se encuentra en todo el suelo repartido por toda la tierra. Tiene una capacidad que es muy buena y es que resiste temperaturas hasta 100 grados porque una capacidad que tienen algunas bacterias, no todas, es que se encapsulan, que es el encapsulamiento; el encapsulamiento de una bacteria es que su membrana la ponen en condiciones desfavorables, mucho frío, mucho calor, para evitar desecarse y morir. Su bacteria vuelve muy dura, muy dura, muy dura, se apelotonan, ¿vale? Entonces se forma como un exoesqueleto y así pueden estar mucho tiempo, haciendo las funciones vitales mínimas, mínimas, mínimas y así no morir. Y cuando ya las condiciones ambientales vuelven a ser buenas, se desencapsulan y ya pueden hacer su ciclo vital otra vez perfectamente. Eso hace la tuberculosis, por ejemplo, que es una bacteria muy común, sobre todo en Europa y África, en Norteamérica no…
Juan Carlos Gil distingue entre el estado latente de algunas bacterias, como la tuberculosis, y la esporulación, ejemplificada con la bacteria Kona que se discutió en episodios anteriores.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #6bacteria kona en marteesporulación bacteria konatuberculosis estado latente…bacterias que llevamos encapsuladas sin darnos cuenta, de repente salen y dicen: arrasan. Pues venga al ataque. Hay una diferencia, Héctor; lo que hablas es de bacterias en estado latente, que efectivamente pueden vivir en su huésped sin dar mucho por saco. Lo que describía Sara es la esporulación, que es otro nivel. Cuando hablaba hace unos episodios de la bacteria Kona, ¿no os acordáis? que jugábamos con la posibilidad de que hubiese sobrevivido algo parecido en Marte durante miles de años. Como dices, ahora forma un exoesqueleto y aquello puede dotar muchísimo. Eso no es lo mismo. La tuberculosis no es por una; no es por... Fíjate. La tuberculosis puede vivir latente, como lo del virus de cuál era, el de la varicela, que puede formar el herpes. Sí, se te queda latente en el cuerpo; se te queda latente y de repente por algún estímulo viaja por el nervio y se te forma la culebrilla que…
Sara Robisco introduce la segunda bacteria del experimento, *P. aloplanktis*, explicando que fue seleccionada debido a su resistencia a bajas temperaturas, similar a las encontradas en Marte.
Habla: Sara RobiscoPalabras #17bacteria p aloplanktis aguas antárticastemperaturas bajas superficie arcianaresistencia temperaturas entre menos 2 y 29 gradosbacteria aeróbico tipo…si me he perdido algo; el herpes es un virus, ¿no? El herpes es un virus, ahí lo estoy mezclando, no sé qué forma. No, no, pero esa es de la varicela, es el mismo, que se te queda la bacteria, pero bueno, es que hay virus que se te pueden quedar ahí. Bueno. vamos con nuestra segunda bacteria, P. aloplanktis, ¿vale? Esta bacteria la han elegido porque está presente en aguas antárticas entonces es muy resistente a temperaturas bajas, entonces claro dicen en una superficie arciana pues tenemos temperaturas muy bajas, pues esta es la que en temperaturas más bajas resiste, vamos a probar con ella porque en Marte de haber algo sería parecido, venga, entonces es capaz de resistir temperaturas entre menos 2 grados y medio y 29 grados que no puede no parecer mucho pero para una bacteria es mucho y es de tipo aeróbico, la otra era anaeróbica y vamos a por nuestra Arkea H. Volcani, es una de las Arkeas más estudiadas globalmente, si no la más; o sea, es una cosa tremenda. Es su forma, esta plantea problemas porque cambia de forma; es muy divertida. Puede tener diferentes tipos de formas y tal. La Arquea es como más plástica que…
Sara Robisco explica la incertidumbre existente sobre el porcentaje de bacterias con movilidad, basándose en datos de una base de datos llamada Bactaib.
Habla: Sara RobiscoSignificado #7 · Palabras #5prokaryotas con motilidadbactaib base de datos bacteriasflagelos cilios bacterias moviles80 bacterias descritas moviblesbacterias movilidad porcentaje bactaibprokaryotas motilidad rango incertidumbrebiomarcadores estudio bacterias motilidad…no hemos llevado grandes experimentos astrobiológicos a Marte, pero los tenemos. Están en un hangar, se llama Rosalind Franklin, y está esperando que algún día huele. Está esperando la pobre ahí que no veas y sobre lo que has dicho de que la motilidad es muy presente pues fíjate hay una falta de consenso sobre eso hay una falta de consenso sobre el porcentaje de prokaryotas con motilidad debido a muchos estudios se han hecho un montón y en los años a finales de los 90 mediados 96 se pensaba que un 80% de las bacterias descritas eran movibles mediante flagelos, cilios, estos sistemas que tienen las bacterias para moverse. Pero claro, dices, oye, un 80% es la mayor parte. Pues no, amigos. Usando bancos de cepas de datos de bacterias, hay una base de datos llamada Bactaib, muy interesante, que tiene 14.309 cepas diferentes de bacterias. Se ha descubierto que solo un 40% de estas bacterias tienen movilidad. De todas formas se sigue estudiando. Para que os hagáis una idea de la incertidumbre que hay de esto, se cree que hay un rango de bacterias con motilidad, vamos, prokaryotas con motilidad, perdón, entre un 5 y un 80%. Es ese rango enorme con el que jugamos, porque claro, hay tanto por conocer. De todas formas, para esta historia de los biomarcadores, de buscar biomarcadores, en este caso solemos hablar de biomarcadores en atmósferas de exoplanetas y tal pero también biomarcadores también es buscar microorganismos en Marte, por supuesto En este contexto realmente es que te da un poco igual porque tú vas a…
Sara Robisco introduce el experimento para detectar vida en Marte, señalando que puede generar confusión debido a las variables desconocidas sobre las bacterias marcianas.
Habla: Sara RobiscoSignificado #13 · Palabras #20bacterias marcianas medidas desconocidasmembrana semiperneable grosores distintossuelo marciano centrifugado muestras flotantesquimiofector comidita para bacterias…ahí sería que fuera el 0%, o sea, que realmente la vida en Marte hubiera sido tal que toda ella absolutamente se queda quieta para la foto O que esté extinta, que hubiese estado y que ya está Claro, que eso también, este experimento ayudaría un poco, ¿no? Pero vamos al experimento porque parece que da un poquito de margen de confusión, ¿no? Porque realmente ellos no fotografían imágenes en movimiento esta semimembrana semiperneable que ponen en medio tienen varias han probado con distintos tipos de grosores porque claro no conocemos es muy divertido no conocemos las bacterias que puede haber en Marte no conocemos sus medidas entonces claro ponen los dos medios a tierra el suelo lo sacuden mucho lo menean centrifugan y oponen las bacterias toman muestras de lo que flota y lo van depositando en una membrana de las cámaras y aquello que se pasa a través de la membrana al quimiofector se queda quieto. ¿Por qué? Porque ya tiene comidita. Y una cosa que no he dicho, la segunda bacteria que he descrito, Pealoplantis, se empezó poniendo en el estudio como control porque no se siente atraída por este quimiofector. al contrario, los estudios hasta ahora demostraban que le repelía, entonces dijeron…
Sara Robisco describe los resultados de un experimento realizado con bacterias y una arquea, donde se observó un aumento significativo en la población entre un 300% y un 400% tras la aplicación de ciertas concentraciones.
Habla: Sara RobiscoSignificado #4 · Palabras #10arquea coloniza con concentracionesbacterias aumentan población 300-400experimento sara robisco bacterias arquea…de la placa del alga. ¿Cómo se llama el alga que ponemos en las placas redondas? Bueno, el típico medio que ponemos en las placas de cultivo de bacterias. El cultivo de agar es el medio que han cogido como medio control y luego los medios con el eserina. Bueno, pues han hecho el experimento y efectivamente con las concentraciones que ellos ponen, tanto las dos bacterias como la arquea colonizan, vamos, colonizan, se posan y aumentan entre un 300-400% la población que hay. Claro, de no tener nada a tener un montón, o sea, es ese aumento de población. ¿Qué pasa? ¿Qué dice Sara? Pero una de ellas se sentía repelida, ¿qué ha pasado? Pues que los estudios demostraban que se sentía repelida con una concentración de menos minimoles de L-serina, pero se han dado cuenta de que a mayor concentración sí que se siente atraída.…
Juan Carlos Gil continúa hablando sobre los métodos para resolver laberintos, mencionando una clasificación en tres tipos diferentes y ejemplificando con el comportamiento de las bacterias.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1bacterias sara y quimiotaxisgradiente de presión partículas difundenlaberinto bacterias gradiente temperatura…Que soy un poquito friki de los laberintos y que atesoro artículos, referencias, menciones, charlas, cosas sobre laberintos, formas de resolverlo, tanto algorítmicas como analógicas porque hay formas raritas, analógicas, tipo, de resolver estos laberintos. Se pueden clasificar en tres formas. Primero, las que siguen algún tipo de gradiente; por ejemplo, partículas que se difunden siguiendo un gradiente de presión o de temperatura. O nuestras amigas, las bacterias, Sara, que gracias a su quimiotaxis pueden navegar un laberinto; era parecido a lo que explicaba, parecido. Siguiendo gradientes de nutrientes o huyendo, también lo comentabas del estudio anterior: huyendo de una sustancia tóxica o lo que sea. Otra forma analógica es mediante algún tipo de propagación de ondas que recorren el laberinto y van chocando con los…