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Luisa AchaerandioJuan Carlos GilGastón GiribetIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor Socasshotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privadaCraig Venter InstituteCelera GenomicsProyecto Genoma HumanoFrancis VillatoroCraig VenterFrancis CollinsIniciativa PúblicaJohn Craig VenterCollinsChogán
Celera Genomics
Con
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Francis Villatoro explica cómo Craig Venter aprovechó su técnica de shotgun para secuenciación y creó Celera Genomics, una empresa con gran financiación para competir con el Proyecto Genoma Humano.
…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro explica que el hito de secuenciar el primer genoma completo en 1995 fue importante, pero lo que realmente hizo famoso a Craig Venter fue desarrollar un instituto privado llamado Craig Venter Institute (JCVI).
Habla: Francis VillatoroSignificado #15craig venter instituto jcvihito genómica secuenciación primer genoma…que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la... Básicamente, influenza viene de gripe. Aemophilus influenzae. La influenza se conoce. La gripe. Entonces, este hito fue un hito que, digamos, entre comillas, lo coloca en la historia de la genómica; pero realmente lo que le hizo muy, muy famoso fue desarrollar con una empresa privada, que era básicamente el... Craig Venter Institute, el instituto de Craig Venter, ¿no? Se suele conocer por las siglas porque él era John Craig Venter, o JCVI. Esto actuaba como un instituto privado, es decir, básicamente como Una empresa, si queréis una empresa sin ánimo de lucro, pero básicamente no era una institución científica per se. Y con este instituto decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter aprovechó su técnica de shotgun para secuenciación y creó Celera Genomics, una empresa con gran financiación para competir con el Proyecto Genoma Humano.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1shotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privada…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Francis Villatoro describe las críticas recibidas por Craig Venter y Celera Genomics, quienes fueron acusados de aprovechar los avances del Proyecto Genoma Humano público.
Habla: Francis VillatoroSignificado #12aprovechamiento del proyecto genoma humano públicoresquemor entre comunidades genómicastemor a publicación anticipada de venterpublicación del genoma humanofondo cósmico microondas como analogíaacuerdo iniciativa pública craig ventertécnicas shotgun y tecnología venter…dónde está este gen? Pues había que esperar a que la Iniciativa Pública encontrara parte de ese gen porque en el momento en el que encontrara parte del gen tú ya rápidamente colocabas tu gen en su sitio; eso desde el punto de vista de la Iniciativa Pública. fue digamos muy criticado había mucha gente diciendo es que este señor nos está pisando es que este señor si no existiéramos nosotros él no podría hacer nada y lo está haciendo gracias a nosotros entonces eso generó cierto resquemor y como ahí estaba metido toda la comunidad pues entre todas las comunidades genómicos que se dedicaban al tema de genes humanos pues todos estaban así con un poquito con la mosca de la oreja, ¿no? Haría un cierto temor. ¿Y si él, que está haciendo esto, publica el genoma completo tres meses antes que nosotros? Entonces, ¿debe la iniciativa pública a hablar Collins con Venter? Y decirle, mira, señor, vamos a ponernos de acuerdo y lo publicamos en el mismo momento, ¿no? Claro, el problema que tenía publicar el genoma humano es que es como todo la... Tú ves el fondo cómico microondas y tienes una única imagen. Tú ves el genoma humano y tienes un único genoma humano. ¿Es correcto o no es correcto? Entonces se llegó a la conclusión de que, bueno, venga, vamos a ver aquí entre amigos, dado que nosotros hemos usado lo vuestro y vosotros, la iniciativa pública también llega a usar técnicas Chogán y tecnología bioinformática desarrollada por Venter, vamos a intentar publicarlo Más o menos en el mismo momento, ¿no? Entonces se publicaron de manera simultánea, ¿no? Y eso pues relajó un poco la atención, pero siempre ha quedado esa atención, ¿no? Una vez hecho esto, pues ya estaba, digamos, la antesala para el premio Nobel. Aquí…
Francis Villatoro explica cómo la complejidad del genoma humano superó las expectativas iniciales tras su secuenciación completa.
Habla: Francis VillatoroSignificado #7genoma humano superó expectativassecuenciación completa del genoma humanoproblema tras secuenciación humanainvestigación enfermedades genéticas décadasgenoma humano hace 25 añosproyecto genoma humano iniciativa públicaversiones mejoradas del genoma humano…genes a principio pensó que eran 24.000 hoy día son unos 21.000 tenemos otras cosas los pseudogenes, pero además tenemos una enorme cantidad de estructuras que se heredan porque están en el ADN y que influyen en toda la regulación, en todos los mecanismos. Es decir, todo se convirtió extremadamente complicado. Cuando vimos el genoma completo vimos que este asunto era muy complicado y que lo que se esperaba era publicar el genoma humano completo y en pocos años, por les cinco años, por les diez años, íbamos a resolver el problema de las Enfermedades. Enfermedades de origen genético, pues lo que resulta 25 años más tarde es que todavía estamos en pañales y nos queda todavía muchas décadas de investigación para resolver ese problema. Entonces, pero claro, Collins y la gente de la iniciativa pública, pues tuvo que ir trabajando en vender eso y hacer cosas sobre el proyecto genoma humano, que se ha ido avanzando, se ha ido mejorando; había muchos problemas en ese, era un borrador, realmente era un borrador, no era una versión realmente definitiva. Ahora tenemos versiones mucho mejores, ¿no? Algunas publicadas recientemente. Pero ¿qué hizo Venter? Venter dijo, el premio Nobel me lo van a dar. Así que yo, a mí esto ya no me importa, me importa un comino. Yo voy a dedicar a otro tema. ¿Y cuál es el tema que a principios de los 2000 se puso de moda?…